itol.toolkit 使用教程

itol.toolkit 使用教程

itol.toolkit Helper Functions for Interactive Tree Of Life (iTOL) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/it/itol.toolkit

1. 项目介绍

itol.toolkit 是一个用于 Interactive Tree Of Life (iTOL) 的 R 包，提供了丰富的辅助函数，帮助用户更高效地生成和处理 iTOL 的注释文件。该包已被 iTOL 官方文档列为第三方工具，并在 RStudio 的 R Views 频道中被评为 2023 年 1 月 Top 40 新 CRAN 包之一。

主要功能

• 支持 iTOL v6 中的所有 114 个主题和 23 种模板类型。
• 通过命令行高效生成模板。
• 学习并使用已发布的模板主题。
• 将所有数据本地保存为可重复使用的格式。

2. 项目快速启动

安装

推荐使用 pak 包来自动安装 itol.toolkit：

install.packages("pak")
pak::pak('itol.toolkit')

或者使用传统的安装方法：

install.packages("devtools")
devtools::install_github("TongZhou2017/itol.toolkit")

快速启动示例

# 加载包
library(itol.toolkit)

# 读取数据
tree <- system.file("extdata", "tree_of_itol_templates.tree", package = "itol.toolkit")
data("template_groups")
df_group <- data.frame(id = unique(template_groups$group), data = unique(template_groups$group))

# 创建 hub
hub <- create_hub(tree = tree)

# 创建 unit
unit <- create_unit(data = df_group, key = "Quickstart", type = "DATASET_COLORSTRIP", tree = tree)

# 将 unit 添加到 hub
hub <- hub + unit

# 写入模板文件
write_hub(hub, getwd())

3. 应用案例和最佳实践

案例 1：基因组树状图注释

在基因组研究中，itol.toolkit 可以帮助研究人员快速生成复杂的树状图注释文件，展示基因组的进化关系和功能注释。

案例 2：生物多样性分析

通过 itol.toolkit，生物多样性研究人员可以轻松生成多样性分析的树状图，展示不同物种之间的进化关系和多样性分布。

最佳实践

• 数据准备：确保输入数据格式正确，避免因数据格式问题导致的错误。
• 模板选择：根据需求选择合适的模板类型，以达到最佳展示效果。
• 自动化处理：利用 itol.toolkit 提供的批量处理功能，提高工作效率。

4. 典型生态项目

项目 1：iTOL 官方文档

itol.toolkit 已被 iTOL 官方文档列为推荐工具，用户可以在官方文档中找到更多关于该包的使用指南和示例。

项目 2：RStudio R Views

在 RStudio 的 R Views 频道中，itol.toolkit 被评为 2023 年 1 月 Top 40 新 CRAN 包之一，展示了其在 R 社区中的影响力。

项目 3：生物信息学研究

在生物信息学领域，itol.toolkit 被广泛应用于基因组分析、进化树构建等研究中，帮助研究人员高效处理和展示复杂的数据。

通过以上内容，您可以快速了解并开始使用 itol.toolkit，并探索其在不同领域的应用。

itol.toolkit Helper Functions for Interactive Tree Of Life (iTOL) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/it/itol.toolkit