单细胞数据分析工具CellChat：R语言的细胞间通讯推断与可视化

单细胞数据分析工具CellChat：R语言的细胞间通讯推断与可视化

CellChat R toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/CellChat

CellChat是一个基于R语言的生物信息学开源项目，旨在为单细胞数据提供细胞间通讯的推断、分析和可视化工具。

1. 项目基础介绍与主要编程语言

CellChat是一个R包，为研究人员提供了一个易于使用的框架，用于探索和理解单细胞数据中的细胞间通讯机制。该项目主要以R语言开发，同时使用了C++语言来优化性能。

2. 项目的核心功能

• 细胞间通讯推断：CellChat可以从单细胞转录组数据中推断细胞间的通讯网络。
• 数据探索与分析：它提供了多种分析工具，包括社会网络分析、模式识别和流形学习方法，以量化和比较推断的细胞间通讯网络。
• 可视化工具：CellChat能够提取和可视化网络的高阶信息，帮助用户预测细胞群体的主要信号输入和输出，以及这些群体和信号如何协同工作以实现功能。
• 比较分析：项目支持比较不同条件下细胞间通讯的变化，识别改变的信号和细胞群体。

3. 项目最近更新的功能

CellChat最近更新至v2版本，并迁移到了新的仓库。新版本的主要更新包括：

• 数据库更新：CellChatDB数据库得到了更新，包含了更多文献支持的配体-受体相互作用信息。
• 性能优化：对算法进行了优化，提高了推断和分析的效率。
• 可视化改进：增加了新的可视化功能，使结果更加直观易懂。
• 使用文档和教程：更新了使用文档和教程，帮助用户更好地理解和应用CellChat。

通过这些更新，CellChat进一步增强了其在单细胞数据细胞间通讯分析领域的功能性和可用性。

CellChat R toolkit for inference, visualization and analysis of cell-cell communication from single-cell data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/CellChat