代谢组学通路富集分析

使用ggplot2进行代谢通路分析可视化

最新推荐文章于 2025-04-29 09:22:00 发布

原创最新推荐文章于 2025-04-29 09:22:00 发布 · 5.3k 阅读

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这篇博客展示了如何使用R语言的ggplot2和readxl库来读取和绘制代谢通路分析的数据。作者首先清除工作空间，然后加载必要的库，接着读取名为'pathway.xlsx'的Excel文件。通过ggplot2创建了一个散点图，其中大小由'Number'决定，颜色由'P_value'决定，采用绿色到红色的渐变色标度。这个图表有助于理解代谢通路分析中的影响因素和显著性。

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rm(list = ls())
library(ggplot2)
library(readxl)
pathway = read_xlsx("/Users/wangchen/Desktop/Statistics/GCMS/5代谢通路分析/pathway.xlsx")

pp=ggplot(pathway,aes(Impact,PathwayTerm))

#正式画图并添加size和color的参数

pbubble=pp+geom_point(aes(size=Number,color=P_value))

#添加颜色的变化

pbubble+scale_colour_gradient(low="green",high="red")