20、生物信息学中的证据本体论与Pathway Tools应用

生物信息学中的证据本体论与Pathway Tools应用

1. 相关工作

在生物信息学领域，Gene Ontology（GO）提供了一个证据本体论，它满足了部分先前提出的标准，也是我们工作的起点。GO证据代码的相关描述可在 该链接 查看。在可能的情况下，我们采用了GO证据代码或其微小变体，以方便不同系统之间的转换。

然而，在很多情况下，我们对GO系统进行了显著扩展或重新设计，因为它无法满足本节前面列出的要求，具体如下：
- 缺乏特定实验方法编码 ：GO系统没有对特定类别的实验方法进行编码。例如，GO代码“IDA”（从直接测定推断）没有子类来定义实验测定的亚型，像用于提供酶活性或启动子存在证据的测定。
- 应用范围受限 ：严格来说，GO证据系统旨在注释将GO术语附加到基因的支持依据，并非专门用于记录生物对象存在的证据，或其他类型的断言，如槽值。
- 缺乏置信值关联 ：GO证据系统没有提供将置信值与断言关联的方法。

在人工智能领域，我们未发现与之直接相关的工作。人工智能中关于真值维护系统（TMSs）的工作并不相关，因为TMSs关注的是捕获自动推理器推断的命题之间的关系，以及这些推断所依赖的命题，这与捕获支持某个命题的一般证据类别是不同的问题。

2. Pathway Tools概述

Pathway Tools软件是一个可重复使用的软件包，用于创建、查询