Aspera数据下载工具SRA tools

最新推荐文章于 2024-12-30 19:28:05 发布
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文章标签： linux
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丁优雅ya
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cmd 中使用SRA Toolkit工具下载SRA格式序列文件，显示有文件太大无法下载，如何解决？
**My Coding Family**
04-26 933
🏆本文收录于《全栈Bug调优(实战版)》专栏，主要记录项目实战过程中所遇到的Bug或因后果及提供真实有效的解决方案，希望能够助你一臂之力，帮你早日登顶实现财富自由🚀；同时，欢迎大家关注&&收藏&&订阅！持续更新中，up！up！up！！ 备注：部分问题/疑难杂症搜集于互联网。
aspera下载sra文件linux,Aspera Connect，高速下载sra数据
weixin_34697393的博客
05-06 1274
一、下载安装Aspera ConnectLinux系统下的Aspera Connect安装(Windows下的Aspera Connect安装参考)。查看最新版本的Aspera - High-speed file transfer software - aspera connect https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?listmkdir ...
Aspera：高速下载NCBI和EBI基因组数据
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
12-30 1401
我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。安装 Aspera首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。# ...
Aspera下载测序数据
m0_53945548的博客
01-26 1095
我们下载测序数据一般使用sra-tools的prefetch功能，通过SRR号从NCBI的SRA数据库下载SRA文件，这个方法下载速度有所限制且需要将SRA再转化为FASTQ文件，这过程中又会消耗不少时间和算力。 一种替代方法是使用Aspera软件，从EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA(European Nucleotide Archive)数据库直接下载FASTQ格式文件，免去了转化格式的步骤，且下载速度有了质的提升。
linux中Aspera下载安装以及使用Aspera批量下载
Angsy的博客
10-29 1193
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档。
SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）
weixin_44616693的博客
02-22 9099
SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera） 这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复。谢谢大家。 本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。按照本文下载SRA数据，需要提前安装Linux系统（常用CentOs或Ubuntu）。需要一定的Linux系统的操作命令认识以及生信知识（包括NCBI数据库检索等）。 SRA简识 SRA数据：一种储存高通量测序数据格式。高通量测序：即NGS和TGS，通常数据产出在几十到几百MB不等 各种检索号 PRJNA：study
aspera高速下载ncbi数据库（metawrap数据库安装）
liuwang_henu的博客
12-13 1859
本来想要安装好metawrap，装好倒是简单，但是有许多的使用问题，比如ncbi的数据库下载就十分缓慢，数据量又大于100G，有个教程里面说可以用wget去国家微生物那个库里面下载，但是下载了几次之后，解压的时候还是发现报错，文件错误，故放弃。转而查询其他下载官网数据的方法，发现aspera下载，在这里总结一下，纯新手练习太舒服辣。
Mac下使用Aspera Connect下载NCBI Sra 数据
Melody‘s notebook
10-15 5912
Mac下使用Aspera Connect全速下载大型NCBI文件的方法 1，下载安装SRA Toolkit Documentation SRA Toolkit 下载 2，下载安装Aspera Connect的dmg文件 Aspera Connect 3，建议使用prefetch命令下载 prefetch, fastq-dump, vdb-dump的简介 prefetch 命令的使用简...
Ubuntu18.04安装Aspera批量下载SRA数据
weixin_63884580的博客
12-23 1914
aspera高速下载SRA数据
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
weixin_35329035的博客
04-29 1193
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-cent...
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据
cfc424的博客
08-28 3010
NCBI/BIG测序数据下载---通过Aspera下载拟南芥T2T原始数据
aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
05-09
用于极速下载aspera支持的资源，生物信息用于NCBI，EBI基因组下载
Aspera高速下载nt数据库
个人笔记
11-21 2582
Aspera高速下载nt数据库 NCBI blast
使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据
weixin_44616693的博客
11-24 5655
NCBI储存的数据有nt/nr/swissprot/blast等，EBI储存的数据有pfam等 #安装asprera（https://www.ibm.com/products/aspera/downloads） #下载并上传（安装包ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz） tar -zxvf ./ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz ./ibm-aspera-connect-3.11
aspera下载sra文件linux,科学网—Aspera快速下载NGS数据 - 熊朝亮的博文
weixin_28819153的博客
05-06 301
关于速铂Aspera速铂Aspera是一套商业的高速文件传输解决方案，随着高通量数据的大量产生，从而对于大文件快速传输的需求，开始应用到生物领域，目前NCBI、EBI的SRA库都提供这样的服务。传统的FTP、HTTP等数据传输协议都是基于TCP的，TCP在远距离数据传输中存在一些先天的不足，文件越大、距离越远，其丢包、延时等问题对于传输速度的影响就越大。速铂Aspera通过应用了一个名为fasp™...
如何从NCBI上通过aspera下载SRA数据
weixin_45935114的博客
07-13 2364
获取到了TXV文件后我们需要对内容修改成我们需要的格式，首先文件格式是.TXT 使用EXCEL打开，处理成下图所示的文件。3、第二步使用Notepad++把分号替换成换行，查找模式是扩展，替换为\r\n。点击SRA Run Selector 跳转并获取BioProject。1、打开下载的.TXT文件，图中红色方框中的数据是我们需要的数据。处理号后就可以直接使用aspera批量下载数据。上查询需要下载的list。2、第一步直接替换成空。
aspera下载sra文件linux,使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据
weixin_35876299的博客
05-06 929
asperaSRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库，所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此，方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的。ENA...
aspera下载sra文件linux,linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式数据
weixin_39866874的博客
05-06 458
解压缩：tar zxvf aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.tar.gz安装：sh aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.sh安装好以后把环境变量添加到PATH里批量下载：整理成下面的格式黏贴在文本SRR_Download_List_file_list.txt 中：/sra/sra-instant/reads/ByRun/sr...
SRA数据下载
weixin_42058223的博客
06-12 528
主要讲如何通过利用aspera快速下载sra数据。
ncbi扩增子数据上传
最新发布
01-13
### 将扩增子数据上传至NCBI 为了将扩增子数据分析结果成功提交给NCBI，需遵循一系列特定流程以确保数据被正确接收并公开共享。以下是详细的指南： #### 准备工作 在准备阶段，应先整理好所有必要的元数据文件以及经过处理后的序列文件。这些通常包括但不限于样本描述表、实验设计文档和最终产生的特征表等。 对于具体的扩增子项目而言，在完成QIIME 2中的`qiime tools import`命令用于创建`.qza`格式的数据集之后[^1]，还需要进一步提取FASTA或BIOM格式的结果以便于后续操作。 #### 创建账户与登录 访问[National Center for Biotechnology Information (NCBI)](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)官方网站，并注册BioProject账号。此步骤允许研究人员建立自己的研究计划条目来容纳即将发布的数据集合。 #### 提交元数据 通过[SRA Submitter Tool](https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/)工具填写关于此次测序活动的相关信息，比如采样地点、时间范围以及其他任何有助于理解背景情况的内容。这一步骤非常重要，因为详尽准确的元数据能够极大提升其他科学家重复验证工作的可能性。 #### 数据打包与传输 按照官方指引准备好待上传的文件夹结构，其中至少要包含： - 原始reads（通常是fastq.gz压缩形式） - 处理过的OTU/ASV表格及其对应的代表性序列 - 可选但推荐提供的质量控制报告和其他辅助材料 利用FTP客户端或者Aspera Connect软件实现高效稳定的文件传送过程。值得注意的是，如果涉及大量数据，则建议采用后者以获得更快的速度体验。 #### 完成发布请求 当确认所有资料均已安全抵达服务器端后，即可向管理员发起正式审核申请。一旦得到批准通知，意味着整个提交流程圆满结束，相关资源也会同步更新到公共数据库供全球范围内查阅使用。 ```bash # 示例：假设已经完成了前期准备工作，现在需要上传一个名为example.fastq.gz的文件到指定位置 ascp -T -k1 -l400M /path/to/example.fastq.gz anonftp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:/uploads/ ```
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