240117问题记录：STARsolo运行

1.STARsolo报错：EXITING because of fatal PARAMETERS error: present --sjdbOverhang=150 is not equal to the value at the genome generation step =149，我的测序长度为150bp，把这个参数设置到149（长度-1）就能跑通了。

但是分情况看待，如果遇到step=0的情况或者是其它，也有可能是输入数据类型的问题：比如用标准10x的barcode模式格式的设置去跑SMART-seq2类型的数据肯定跑不通。

并且如果不需要注释信息，也可以不用设置这个参数。

参考：Size for sjdbOverhang for multiple read length datasets · Issue #931 · alexdobin/STAR (github.com)

--sjdbOverhang=49 is not equal to the value at the genome generation step =0 · Issue #470 · alexdobin/STAR (github.com)

2.STARsolo报错：ReadAlignChunk_processChunks.cpp:204:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: wrong read ID line format对于压缩格式的fastq文件，添加参数

--readFilesCommand zcat

3.STARsolo报错：

BAMoutput.cpp:27:BAMoutput: exiting because of OUTPUT FILE error: could not create output file ECLrna_STARtmp//BAMsort/
SOLUTION: check that the path exists and you have write permission for this file. Also check ulimit -n and increase it to allow more open files.

是runThread以及bamsort的数量设置太多，减少线程数即可。

参考：运行STAR时遇到的错误 - 简书 (jianshu.com)