240117: Linux上运行R脚本进程

最近在进行几个软件包的测评，里面不乏R包，但实际跑下来感觉限速步骤有点坑，要么分特别多批跑很麻烦，要么合在一起跑就会超级无敌巨无霸慢，占着Rstudio也很浪费时间。我的数据也比较多且都很大，考虑把这些代码挂在Linux后台运行。

然后我参考了网上的一些办法，最后自己是这样实现的：

首先安装optparse包，这个包可以传递命令行参数也可以生成帮助文档：

install.packages("optparse")
library(optparse)

然后进行参数设置，参数解析与参数传递：

# setting parameters
option_list <- list(
  make_option( c("-i", "--input"), type = "character", default = FALSE, help = "input folder location"),  
  make_option( c("-o", "--output"), type = "character", default = "./", help = "output file location"),
  make_option( c("-s", "--sample"), type = "character", default = FALSE, help = "sample name")
) 

# Analytic parameters
opt_parser = OptionParser(option_li