全局序列联配

本文介绍了序列联配问题,探讨了如何通过特定的得分矩阵来寻找两个字符串间的最佳联配,并给出了递归过程。此外还讨论了在错配和插缺罚分固定情况下的联配得分计算方法。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

注意不是最长子序列LCSLCS问题对应于匹配则奖励1,插缺则没有惩罚。如果要对插缺进行统计分析,则属于序列联配问题,最佳序列联配求出的并不是最长子序列

对有K个字母的字符集A进行扩展,加入缺口符号-,并提出得分矩阵为(k+1)*(k+1)矩阵,将联配中的列(x,y)记为δ(x,y),将联配的得分定义为所有列得分之和。

联配中列的概念是:假设V=ATG,W=A-G,则每列分别定义为:(0,0)、(1,1)、(2,2)(2,3)即:(V1,W1)、(V2,W2).....

1、给定得分矩阵,寻找2个字符串之间的最佳联配(这个最佳包含S( i,j)相似性和d(i,j)编辑距离)

输入:字符串V和W及得分矩阵δ

输出:V和W的一个联配,它的得分是V和W所有可能联配中最大的。

对于V的前i个字符和W的前j个字符间的一个最优联配得分Si,j ,其相应的递归过程为:

Si,j=max(Si,j+δ(Vi,-)  ,Si,j-1+δ(-,Wj)  , Si-1,j-1+δ(Vi,Wj))

2、当错配和插缺的罚分分别为常数而不需要从得分矩阵中取数时,匹配的得分为+1时,相关序列的联配得分为

#matches-μ·#mismatches-·σ#indels 

其相应的递归过程为:

Si,j=max(Si-1,j    ,Si,j-1 -σ  , Si-1,j-1 -μ if Vi<>Wj , Si-1,j-1 +1 ifVi=W)

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值