21、丙型肝炎病毒蛋白复合物结合位点预测与胰腺癌共调控特征基因识别

丙型肝炎病毒蛋白复合物结合位点预测与胰腺癌共调控特征基因识别

丙型肝炎病毒蛋白复合物结合位点预测

丙型肝炎病毒（HCV）感染是导致肝脏疾病的主要原因，对公众健康构成严重威胁。目前，HCV进入宿主细胞的机制以及与宿主细胞的相互作用尚未完全明确，也没有有效的治疗方法。因此，识别HCV蛋白复合物的结合位点对于理解HCV感染机制和开发新的治疗方法具有重要意义。

研究背景

HCV是一种小的包膜病毒，其单链RNA基因组编码一个单一的开放阅读框。该多蛋白约由3100个氨基酸组成，被切割成结构多肽（核心蛋白、E1和E2）和非结构多肽（NS1、NS2、NS3、NS4A、NS4B、NS5A和NS5B）。尽管已经进行了许多实验研究，但由于HCV在组织培养中不易生长，且直到最近才出现用于繁殖HCV蛋白的小动物模型，因此研究HCV与人类蛋白质之间的相互作用并不容易。此外，由于缺乏结构数据，也难以识别HCV与人类蛋白质之间的相互作用模式。

在之前的研究中，研究团队开发了一个径向基函数神经网络（RBFNN）模型来预测HCV蛋白复合物的结合位点。该模型以77%的灵敏度预测结合位点，但特异性仅为3%。为了寻找更好的方法，研究团队最近开发了一个支持向量机（SVM）分类器。

材料与方法

• 数据集 ：从蛋白质数据库（PDB）中检索了64个HCV蛋白复合物，并使用PSI - BLAST程序去除序列同一性达到90%或更高的蛋白质，最终得到18个非冗余的HCV蛋白复合物数据集。该数据集包含8821个残基，其中783个为结合残基，8038个为非结合残基，用于训练和测试SVM分类器。具体数据如下表所示：