BWA-MEM——基于BWT-FM索引的三代序列比对算法

原创 已于 2023-03-14 03:46:31 修改 · 2k 阅读 · 7 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
文章标签：

#算法

于 2022-10-02 15:20:16 首次发布
BWA-MEM是李恒在2013年发表的三代序列比对算法，基于BWT-FM索引，采用种子序列定位、种子链生成和种子序列延伸的思想。它在比对速度和准确性上表现优秀，适用于短reads和长reads的比对，尤其是在较长序列比对上。BWA-MEM与Bowtie2一起，成为了序列比对领域常用的工具。

        欢迎关注“生信算法”公众号。

        三代测序的简介及意义已经在之前的公众号（生信算法）里面介绍过了，之前本公众号已经介绍了六篇三代序列比对算法，分别为（点击下划线可打开相应的文章）：

最低0.47元/天 解锁文章
生信技能58 - 多线程运行更快的BWA比对（bwa-mem2）程序
LittleComputerRobot的博客
09-04 746
多线程运行更快的BWA比对（bwa-mem2）程序
BWA mem中调整灵敏度和速度
2302_80012625的博客
10-13 1417
k：设置最小种子长度。默认值为 19，增加该值可以减少误配率，但也会减少比对的灵敏度。：Band width，默认值为 100，设置为更大的值可以找到更长的插入或缺失片段。-a：输出所有可能的比对，而不仅仅是最佳比对。好的，我们通过一个具体的序列比对示例来说明 -k和 -w参数的作用。假设我们有一个参考基因组序列（ref.fa）和一个读取序列（reads.fq）。我们希望使用将读取序列与参考基因组进行比对，并通过调整 -k和 -w参数来理解它们的影响。
BWA MEM比对人类参考基因组详解
热门推荐
睿智如水
11-10 3万+
在获得下机数据后，做的第一步是质控。质控工具有很多，这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。         BWA是一款基于BWT的快速比对工具，其由三个算法组成。这三个算法分别是：BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中，BWA MEM是最新的，其更快更准确，更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法，首先需要使用索
如何快速上手BWA-MEM2：基因组序列比对的终极加速工具
最新发布
gitblog_00574的博客
10-26 329
BWA-MEM2是BWA-MEM算法的升级版，作为一款高效的基因组序列比对工具，它在保持与原版BWA-MEM相同比对结果的基础上，实现了1.3-3.1倍的速度提升，是生物信息学研究中处理大规模测序数据的关键工具。无论是DNA还是RNA序列比对，BWA-MEM2都能以更低的内存占用和更快的运行效率，为科研人员节省宝贵的分析时间。 ## ???? 什么是BWA-MEM2？ BWA-MEM2是由Vasi...
BWA-MEM算法记录
weixin_34075551的博客
11-24 2404
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...
BWA MEM算法
weixin_34082854的博客
12-27 1540
现在BWA大家基本上只用其mem算法了，无论是二代还是三代比对到参考基因组上，BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for ...
BWA mem比对的 Secondary ,Supplementary alignment 和 -M -Y参数
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
03-14 912
作者：青萍，你好出处：https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/8856888.html1.supplementary alignmentsupplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功，另一部分和参考区域2比对成功，参考区域1和参考区域2没有交集（或很少），那么一条read就会产生两条sam文件，将其中的一条...
精选资源
bwa-mem2:下一个版本的bwa-mem
05-03
输出应与原始的bwa-mem版本0.7.17相匹配。 从提交e0ac59e开始，我们有一个git子模块safestringlib。 要获得它，请在克隆时使用--recursive或在已克隆的存储库中使用“ git submodule init”和“ git submodule upd
bwa-meth:使用bwa-mem和3个字母的基因组快速准确地比对BS-Seq读数
05-10
虽然它相当稳定，但是我将继续支持bwa-meth的对齐部分bwa-meth修复任何错误或根据需要进行更新。 与此处提供的表格和SNP调用相比，现在有几种（可能更好）的替代方法，因此我将不做进一步的介绍。 对于制表，偏差...
BWA-MEM2:下一代BWA-MEM，更快速、更准确的DNA序列短读比对工具
BWA由三种算法构成，分别为BWA-backtrack、BWA-SW（Smith-Waterman）和BWA-MEM（Maximal Exact Match）。每种算法根据序列的长度和特点，选择不同的对齐策略。BWA尤其擅长处理短读序列的比对任务。 ### 知识点二：...
【bioinfo】bwa mem 比对分值参数测试
lillianqdzpw
06-08 1万+
测试bwa BWA mem -M -k10 -T10 ./ref/ref.fa tst1.fq > tst1.sam mem命令比对： 比对分值阈值默认是[30]，即read比对得分值>=30，输出比对结果。 参数 默认 比对情况 分值 说明 -A [1] Match 1 1bp比对得1分 -B [4] Mismatch -4 1bp错配扣4分 -O [6,6] gap(ins,del) -6,-6 1bp的ins扣6分，del扣6分 -E [1] gap e
MEM快速算法
12-03
感觉比较新颖，所以推荐给大家。大家共同进步，共同成长！！
BWT完整算法
06-03
BWT的完整算法，包括SA，Occ等数组的建立。用于在基因链中快速匹配基因。
数据感知FM索引
02-26
数据感知FM索引
fm_index:非常快速地实现针对DNA5字母的FM索引（使用EPR词典）
03-28
fm_index:非常快速地实现针对DNA5字母的FM索引（使用EPR词典）
基因数据处理110之批量测试SparkBWA和CS-bwamem算法
Keep Learning
06-03 819
1.总的脚本 hadoop@Master:~/xubo/project/alignment$ cat runSparkBWAAndCsbwamem.sh echo "start sparkBWA" ./sparkBWA/sparkBWA.sh echo "startCsbwamem algin" ./cs-bwamem/csbwamemAlign.s...
BWT压缩算法及FM搜索算法详解
chuanglan的专栏
10-30 7921
BWT压缩算法其经典地位无可撼动， 关于数据
BWA-MEM算法结构分析
轩令的技术博客
07-21 1万+
一、BWA-MEM函数框架 1 读入 bwt、options、reads； 2 利用mem_chain生成chain； 3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain； 4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。 1.第一步：数据输入 加载已经生成的bwt表。接口的参数文件名为：xx.fasta；实际中包含具有以下几个后缀名的文件.amb,.ann,.bw...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值