zs18242304295的博客

原创 提取基因组fa某区间序列

samtools faidx 详细参数。1.samtools 提取。2.seqtk 提取。

原创 Aspera下载安装使用以及wget下载数据

原创 投递 sleep 占领资源

然后投递：qsub -cwd -l vf=334g,p=5,hostname=omt005 sleep.sh。

原创 orthomcl 报错

orthomcl 报错

原创 Tassel 实现hmp文件和vcf文件之间的转换

hapmap格式：hmp.txt。tassel的官方界面。

原创 基因组文件同时存在大写AGCT和小写agct,统一大小写

1、将序列以大写字母的形式输出。2、将序列以小写字母的形式输出。图中圈起来的是两者的区别。

原创 gz压缩文件，你应该知道的那些是事

不是所有的压缩文件都可以用gzip ，pigz进行压缩的，比如在对 vcf 文件压缩时，不可以用 gzip 来代替 bgzip，否则后续利用tabix 建索引 可能会出现错误。

原创 处理软连接的命令

压缩带软连接目录文件 tar -chzvf file.tar.gz file (其中-h为保证软链接正常压缩的参数。如果目录里无软链接，便不要添加，否则压缩文件可能会出问题， 无软链压缩命令 tar -czvf file.tar.gz file。上传带有软连的目录到桶里的命令 obsutil cp -r -f req_out/ obs://omt-hwy/01.Project/01.reseq --link 其中 -r -f 表示上传目录递归，-link 为软连接。

原创 可以直接cat 多个fq.gz压缩文件

1.fastq.gz和2.fastq.gz 大小71M , 67 M 直接cat 为137 M ,zcat 可能差距较大。

原创 SNP----index（先减在平均）

如下图所示，参考基因组上是C碱基，G是突变碱基，覆盖左边的C的reads有10条，其中有4条reads该位点是G，那么SNP-index为0.4；分析模块，根据设定的窗口大小（SNP number）和步长（SNP number），对窗口进行滑动，计算区间内所有变异位点的SNP-Index均值。混池1在这个区间内所有变异位点SNP-Index计算结果的平均值（混池名称与输入的VCF文件中的名称一致）。混池2在这个区间内所有变异位点SNP-Index计算结果的平均值（混池名称与输入的VCF文件中的名称一致）。

原创 seqkit 那些事

参数指定要截取的范围，这里是从141到15380。执行该命令后，将会生成一个包含指定范围的子序列的输出文件。表示截取从第141个碱基到第15380个碱基的子序列。上述命令中的范围索引是以1为基准的。改为碱基全部大写的形式，改为碱基全部大写的形式。请注意，使用之前要对。

原创 Linux之snodes 查看节点使用情况详解

snodes 查看节点负载 # 输出解释：含义: 各列的具体含义解释Queue: 节点所在队列名称VirtualFree: 可用虚拟内存大小FreeCPU: 可用 CPU 数量NJOB: 在节点上运行的作业数目%LOAD: 节点负载百分比SWAP: 交换空间使用情况States: 节点状态信息。

原创 seqkit：处理数据的ACE

功能：统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项。

原创 维恩图：你真的了解么？

维恩图一般可画在2到7组之间。因此便需要调整比较组个数维恩图用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合 (或)类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导(或理解推导过程)关于集合运算(或类运算)的一些规律。可以画多个分组。

原创 fastp软件 ：rawdata生成cleandata

I 大写 i 后接read1.fq.gz。-o 后接输出的clean.1.fq.gz。-O 后接输出的clean.2.fq.gz。--html 生成的html文件。-i 后接read1.fq.gz。--json 生成的json文件。

原创 不再虾说：shrimp 和 prawn 真的不一样？

参考：

原创 NCBI下载整个界面和只下载序列的方法

根据要下载的内容，搜索对应的名称（拉丁名）或者编号（比如 NC_018119.1），然后就可以进入到下面的界面，就根据图片的提示下载对应的文件即可。

原创 linux 命令

命令是用于在 Linux 和 macOS 系统上创建 ZIP 格式的压缩文件。如果你在 Windows 系统上使用，可以使用类似的命令，但命令参数可能会稍有不同。压缩文件中的所有文件和目录的详细信息，包括文件名、大小、压缩比等。在打包时跟随软链接，将链接指向的文件也包含在压缩文件中。参数表示递归地将目录及其内容包含在压缩文件中。要打包压缩含有软链接的文件或目录，可以使用。要查看压缩后的文件内容，可以使用。替换为你要打包的实际目录路径，参数表示创建新的压缩文件，参数显示详细的打包过程，

原创 HMMER 隐马尔可夫模型序列最新下载方法

注意：这是一个二进制文件，和之前pfam数据库的文件有差别。下载的文件加后缀.gz,然后解压这个文件，gunzip。interpro网页说明。

原创 截图工具分享

Ploacode的使用主要是在VS Code平台上，需要安装该插件。直接通过VS Code左侧扩展栏查找并进行安装即可，当然这个我也没用用过，大家可以试一下。我常用的软件：snipaste 这个软件免费，好用！

原创 关于Minia软件的使用，二代数据，三代数据等组装

kmer-size参数：该参数用于指定kmer大小，即在组装过程中使用的短序列片段的长度。一般来说，常用的kmer大小范围在15-31之间，具体取决于你的数据集和实验目的。-nb-cores参数：该参数用于指定使用的CPU核心数，即同时运行的线程数。除了这两个参数，Minia还有其他一些重要的参数，例如输入文件路径(-in)、输出文件前缀(-out)、内存限制(-mem)等。Minia软件有许多参数和选项可以用于调整组装过程，其中两个常用的参数是-kmer-size和-nb-cores。