真核生物异源蛋白高效分泌表达策略--分泌信号肽优化方案

蛋白分泌表达，现在知晓的途径，可大致分两大类：一类是依赖于信号肽，一类是不依赖于信号肽；

第一类：依赖信号肽的分泌表达（所有菌株菌适用此方案）

           不论是古细菌、细菌（革兰氏阳性、革兰氏阴性）还是酵母，都存在这样的表达体系，学界也存在大量有关信号肽的研究和优化策略；本文就个人已有经验，结合文献中的思路，推荐一中所有菌种通用的策略如下：

        1 分析该菌株（表达菌株）的全基因组（全蛋白组得到的结果应该更精确些）对应蛋白的分泌信号肽，得到一个信号肽库；也即建立全基因组级的信号肽文库；

        顺便推荐一下目前个人用的比较好的信号肽分析软件是signalp6，可以方便地批量分析全基因组级（几千至几万条序列不等）、到宏基因组级蛋白序列的信号肽（几万、几十万到千万级别的序列预测）；也有其他不少工具，大家根据实际情况掌握；

        2 建立信号肽文库；可根据自己习惯，分别在信号肽两侧添加内切酶位点序列（双酶切用），或是添加同源臂（用于同源重组）；

        3 分别将靶标基因（欲要表达纯化的蛋白编码基因）与信号肽文库进行双酶切之后回收并连接；或同源重组连接；之后转化靶标菌株；

        4 表达筛选

                可根据靶标蛋白的特性设计检测方案，如颜色反应、如酶活检测、如抗体效价、如连接荧光蛋白；

        5 得到最高效、最优的表达菌株；通过蛋白或核算测序，得到对应的信号肽序列，或其编码序列。

////||||\\\\某鱼         “ Interpro Pfam蛋白功能重批注、注释 ”
////||||\\\\某鱼        “ 蛋白表达亚细胞定位分析；全流程 ”
////||||\\\\某鱼         “病毒蛋白亚细胞定位 ”
////||||\\\\某鱼         “Enzyme function prediciton using constrative learning 可开发P ”
||||\\\\某鱼         “signalp6 分泌信号肽预测 可开发P ”
////||||\\\\某鱼         “全基因组间序列比对，找差异表达序列 ”
////||||\\\\某鱼         “ 序列进化树作图，系统进化树作图； ”
////||||\\\\某鱼          “ pacbio测序数据分析，功能酶挖掘，可开发P ”
////||||\\\\某鱼        CataPro蛋白酶活性预测 可批量；
////||||\\\\ ProtComp 细菌、真菌蛋白亚细胞定位分析
        --- 可批量操作基因组级，细菌基因组大约含有3000条序列，真菌大约4000多条，部分含有质粒的可能更多；
        ---- 对于数量大于1 0000 条序列的分析，需单独协商，毕竟，这并不仅仅是数量的增加，分析过程；处理数据的过程；难度增加，并不是线性关系；
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        关于这个方案，有一篇文献可以参考一下，2006年的，虽然比较早了，影响因子也不高，但其思路还是很值得借鉴的。doi:10.1016/j.jmb.2006.07.034 ；

简单提一下第二类，非信号肽依赖的分泌蛋白表达---通过外泌体、外囊泡的等的分泌表达

        这个有些难度，但是也有不少相关文献出现，主要是对表达原件的优化，如-35区、-10区、密码子优化、双重启动子、敲除阻遏蛋白等方案