一个搞生物学研究的人，究竟需要掌握多少基础知识-优快云博客

生信分析之——蛋白功能分析单机版（即个人技能）基础技能列表：

作为一个搞生物学研究的人，究竟需要掌握多少基础知识？

1 序列在线查找和下载：ncbi、欧盟的，日本的（核酸&蛋白）【为什么我们没有呢？很多国内开发的省心软件也是，文章接收后没几天，就用不了了……】
2 核酸&蛋白序列分析
1）核酸、蛋白序列大小及碱基数统计；

计算器分子量、碱基数、氨基酸数、碱基或氨基酸种类与计数、酸碱性、等电点、重组表达时的半衰期预估、还原特性、整分子电荷特性等；
2）引物设计：普通pcr，探针（大范围模板条件下，尽可能减少错误引发），荧光定量（其实也就是特定的普通pcr）
3）（序列水平）翻译为蛋白质、转录位RNA
4）（序列水平）引物的特异性分析（不能文献中看到一对引物你就用吧？还是要自己评估一下最好）
5）内切酶位点分析
6）序列拼接（序列水平）
7）序列组合
8）序列比对与靶标基因、靶标蛋白的挖掘：

这些常规的包括核酸之间、蛋白之间、核酸与蛋白；

高级别的比对包括：全基因组之间序列比对（比如两株菌的基因组比较分析），全单蛋白组之间序列比对（比如两株菌之间差异蛋白比较，相似蛋白比较）；基因组与蛋白组之间序列比对（一般是翻译为蛋白序列进行比较，可分析出哪些基因没有对应的蛋白序列，或是没有蛋白产物）；

更高级别的序列分析：比如你发现了某一类酶或是功能蛋白，需要查找并总结其特征，及Motif的发现；比如你要从基因组或是全蛋白组的测序结果中分析是否具有某种特定功能的蛋白分子，或是是否具有某一motif的序列；或是定向挖掘与某一代谢通路、某一特定功能相关的功能蛋白；或是根据现有知识、积累、可参考的文献信息，要对你的目标蛋白进行深入优化——增加其活性、稳定性、提高表达量、提高可溶表达、提高分泌表达量、或是借助肽段分析技术发现其活性片段并构建新的表达体系等（后面的属于所谓的合成生物学范畴了）。。。。。

9）宏基因组级别的序列的批量分割、抽取、组合、转换（翻译或反向翻译）、特定编号序列的批量抽取；

跨入了21世纪20年代，序列的批量分析、批量处理已然成为家常便饭，比如你要从千万条序列的库中抽取出来几万条你需要的序列；应该怎么实现这样的目的？

要搞这种批量序列分析，怎么能不掌握序列批量抽取技术；依赖于代码的序列抽取（高级技术，需要掌握一定的编程语言技能）；不依赖于代码的序列抽取（中高级技术，需要逻辑思维严密，并掌握一定的软件工具，并能熟练、灵活应用）。

10）在线数工具及据库：ncbi、CAYZ、kegg、signal、effectorP、protcomp、以及越来越多的新的在线数据库、在线工具的使用；
11）数据及材料的处理及作图：
excel表格处理、word文档处理、ppt做幻灯片、photoshop修图、graphpad作图、spss统计（或graphpad\excel\statistic任一）
如果想要图更好看一点，那么应该掌握ScienceSlides；要更加专业，更加独特、创新和精准，可以考虑adobe photoshop AI功能、Adobe Illustrator功能；
12）如果你要设计重组表达，那么snapgene是一个绝佳的工具软件；
这时候，诸如信号肽分析、蛋白分泌的亚细胞定位、跨膜分析等就显得比较重要；

13）科研作图，有了数据总是要做成漂亮的图片才可以给大家展示的吧，怎么能少得了这些呢？
excel、powerpoint、wsp_ppt；graphpad、origin、AI、
14）写作助手：endnote\noteexpress

3 科研思维整理：思维导图xmind、或是经常有一本思维笔记也很好；

如果要做蛋白数据分析，
那功能注释pfam（比较新比较准确的）

未完待续……

////||||\\\\分析—某鱼检索 “ Interpro Pfam蛋白功能重批注—可开发P ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “ 蛋白表达亚细胞定位分析；全流程，可开发P ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “病毒蛋白亚细胞定位 ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “Enzyme function prediciton using constrative learning 可开发P ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “全基因组间序列比对，找差异表达序列 ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “ 序列进化树作图，系统进化树作图； ”
////||||\\\\分析—某鱼检索 “ pacbio测序数据分析，功能酶挖掘，可开发P ”