task3a_gmt函数

最新推荐文章于 2025-08-21 17:07:56 发布
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#r语言

gmt文件定义

gmt（Gene Matrix Transposed，基因矩阵转置）是多列注释文件，列与列之间都是Tab制表符分割。

  • 第1列： 是基因所属基因集的名字，可以是通路名字，也可以是自己定义的任何名字。
  • 第2列 ：一般是描述信息，说明这套基因列表从哪里收集的，也可以为空或者用NA表示。官方提供的格式是URL，也可以是任意字符串。
  • 第3列-第n列： 是基因集内所有基因的名字，有几个写几列。
    每一行的列数可以不一样，主要是基因集内的基因数量不一样。
library(clusterProfiler)
data(gcSample) #加载gcSample数据集

#第一列用X1-X8，第二列无内容用‘NA’代替，第三列-第N列为基因的entrenz id
#文件以制表符分隔开
get_gmt <- function(gcSample,filename)
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【新闻推荐系统】(task3)Scrapy基础及新闻爬取实战
发现问题，并解决问题，批判性思维
12-21 1712
学习总结 回顾之前的爬虫（八）Scrapy爬虫框架。scrapy爬虫的使用步骤： 创建一个工程和spider模板 编写spider 编写item pipeline 优化配置策略 为了在推荐系统中不断获取数据，本次task为（新闻推荐实战）数据层—构建物料池之scrapy爬虫框架基础：Scrapy框架有固定的文件结构、类和方法，在实际使用过程中一般是编写item pipelines和spider（里面的自定义爬取器类）两个文件代码。 文章目录学习总结一、Scrapy的简介与安装1.0 爬虫工具介绍
R读取gmt文件的六种方式
weixin_40739969的博客
10-12 1万+
R读取gmt文件的五种方式 kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是list kegg_geneset2 <- clusterProfiler::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是表格 kegg_geneset3 <- GSA::GSA.read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #"GSA.gene
GMT格式文件
shy_321的博客
09-25 4567
GMT GMT: Gene Matrix Transposed file format (*.gmt)。GMT 文件格式是一种以制表符分隔的文件格式，用于描述基因集。 在 GMT 格式中，每一行代表一个基因集。其中每一行，分三个部分： 第一列，基因集名，不可重复 第二列， 对该基因集的描述，可简单填充为’na’ 剩余列，都是属于该基因集的基因，不同基因集，基因数量可不同 生成GMT文件 library(clusterProfiler) data(gcSample) ## 使用测试数据集 #> c
Down stream of RNA-seq 03 (GSVA)
ymy2019的博客
01-04 501
Down stream of RNA-seq 03 (GSVA)
Windows10下，GMT的下载、安装以及配合Vscode使用
weixin_55988068的博客
11-13 7420
我近期想画一幅中国地图，无意中发现了这个GMT软件，但是在我使用的时候发现安装及使用的教程很少，或者说讲述的都很略，因此，我就想记录一下自己的安装及使用过程，也给其他人提供一点帮助。
《动手学深度学习》task3_1 过拟合、欠拟合及其解决方案
Shine_rise的博客
02-15 902
@[TOC](目录) 过拟合、欠拟合及其解决方案 过拟合、欠拟合的概念 权重衰减 丢弃法 模型选择、过拟合和欠拟合 训练误差和泛化误差 在解释上述现象之前，我们需要区分训练误差（training error）和泛化误差（generalization error）。通俗来讲，前者指模型在训练数据集上表现出的误差，后者指模型在任意一个测试数据样本上表现出的误差的期望，并常常通过测试数据集上的误差来...
取得GMT时间
sky333902
04-17 173
[code="java"] /** * 取得GMT时间 * @return */ public Date getGmtDate(){ Calendar calendar = Calendar.getInstance(); int offset = calendar.get(Calendar.ZONE_OFFSET)/3600000 + calenda...
一个下载请求， 一、请求网址如下： https://console.his.XXX.com/asa/gateway/S00000000000000000000000000000605:VULWorkbenchService/vuln-workbench/servlet/download?dlType=RiskWarningDetailExport&file=riskWarningProcessData&RiskWarningQueryVO={“warningName”%3A"“%2C"rectificationOwner”%3A"“%2C"discovererId”%3A"“%2C"discoverToolCode”%3A[]%2C"orderList"%3A[]%2C"vulnSourceType"%3A[]%2C"warningSlaStatus"%3A[]%2C"warningPriority"%3A[]%2C"warningStatus"%3A[]%2C"hwItVdIds"%3A[]%2C"cautionCount"%3A[]%2C"confirmSlaStatus"%3A[]%2C"discoverOrganizationCode"%3A[]%2C"warningDateStart"%3A"2024-05-22"%2C"warningDateEnd"%3A"2025-05-22"%2C"dimensionSetCode"%3A"ALL"%2C"dimensionTreeCode"%3A"EAMAP"%2C"dimensionCode"%3A"com.XXX.devops.ione"%2C"dimensionLevel"%3A"5"%2C"dimensionType"%3A"0"%2C"dimensionDepth"%3A"5"%2C"delegateTenantIds"%3A"11111111111111111111111111111111%2C88888888888888888888888888888888"%2C"delegateTenantNames"%3A"XXX技术有限公司%2CHIS平台运营商"%2C"warningIds"%3A[]} 请求方法: GET 状态代码: 200 OK 远程地址: 10.116.9.249:443 引荐来源网址政策: strict-origin-when-cross-origin 二、响应标头如下： HTTP/1.1 200 OK Date: Thu, 22 May 2025 12:26:58 GMT Content-Type: application/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheet Content-Length: 51267 Connection: keep-alive Keep-Alive: timeout=60 Accept-Ranges: bytes Content-Disposition: attachment; filename=“riskWarningProcessData20250522202658.xlsx” Access-Control-Allow-Origin: https://console.his.XXX.com Access-Control-Expose-Headers: x-login-url, x-csrf-token Access-Control-Allow-Methods: GET,POST,PUT,DELETE,OPTIONS Access-Control-Max-Age: 1800 Access-Control-Allow-Credentials: true X-Server-Process-Time: 1.1269 X-Upstream-Process-Time: 1.1259 X-ALB-SERVER: ALB 三、请求标头如下： GET /asa/gateway/S00000000000000000000000000000605:VULWorkbenchService/vuln-workbench/servlet/download?dlType=RiskWarningDetailExport&file=riskWarningProcessData&RiskWarningQueryVO=%7B%22warningName%22%3A%22%22%2C%22rectificationOwner%22%3A%22%22%2C%22discovererId%22%3A%22%22%2C%22discoverToolCode%22%3A%5B%5D%2C%22orderList%22%3A%5B%5D%2C%22vulnSourceType%22%3A%5B%5D%2C%22warningSlaStatus%22%3A%5B%5D%2C%22warningPriority%22%3A%5B%5D%2C%22warningStatus%22%3A%5B%5D%2C%22hwItVdIds%22%3A%5B%5D%2C%22cautionCount%22%3A%5B%5D%2C%22confirmSlaStatus%22%3A%5B%5D%2C%22discoverOrganizationCode%22%3A%5B%5D%2C%22warningDateStart%22%3A%222024-05-22%22%2C%22warningDateEnd%22%3A%222025-05-22%22%2C%22dimensionSetCode%22%3A%22ALL%22%2C%22dimensionTreeCode%22%3A%22EAMAP%22%2C%22dimensionCode%22%3A%22com.XXX.devops.ione%22%2C%22dimensionLevel%22%3A%225%22%2C%22dimensionType%22%3A%220%22%2C%22dimensionDepth%22%3A%225%22%2C%22delegateTenantIds%22%3A%2211111111111111111111111111111111%2C88888888888888888888888888888888%22%2C%22delegateTenantNames%22%3A%22%E5%8D%8E%E4%B8%BA%E6%8A%80%E6%9C%AF%E6%9C%89%E9%99%90%E5%85%AC%E5%8F%B8%2CHIS%E5%B9%B3%E5%8F%B0%E8%BF%90%E8%90%A5%E5%95%86%22%2C%22warningIds%22%3A%5B%5D%7D HTTP/1.1 Accept: text/html,application/xhtml+xml,application/xml;q=0.9,image/avif,image/webp,image/apng,/;q=0.8,application/signed-exchange;v=b3;q=0.7 Accept-Encoding: gzip, deflate, br, zstd Accept-Language: zh-CN,zh;q=0.9 Connection: keep-alive Cookie: _frid=81291edc9ec445b6a175c06220133f06; iam_grayroute=AD58C955C5C4F9508CDAF98A6C3364C61A60099FADDED4DC; iam_sid_business=2049380137f4fc5b5d91301ee63e38d1d13da6346c71d5e6658d5cec18b96df2d6639648fb0537ec36c9; fingerprintsId=678752da-da25-468a-92cb-778cd8af85f9; idss_cid=678752da-da25-468a-92cb-778cd8af85f9; cbg_wp_lang=zh_CN; HW3MS_think_language=zh-cn; hic_app_id=com.XXX.wisedevops; ztsg_ruuid=5dad40bf294eb86d-d0c0-4900-8999-6834a99cee9b; lang=zh; env_token=pro; EnterpriseId=11111111111111111111111111111111; login_flag=in; guest=false; p60089897_currentRoleXXX.paas.portal=default; hic_lang=zh_CN; console_his_XXX_com_asa_gateway_sticky=fb4dd6bee948243543b3c87a422817999f0f14943bd2c43f3a17a8bee7e147a59a2319b020f406557d7a73fc9df6d2ac:3; HW3MS_CONNECT_SESSION=3onbk815tsi2tar4nhonjlv5a6; X-Auth-Token=f676f1996c410ea8e681338085b730c98a45a3f58c68021a; IAM-Csrf-Token=9d534a9aac23e501591909bac6c97ecce19f4f72fc41d686; prod_J_SESSION_ID=2F-D1-8B-54-C6-6C-55-1F-8D-DC-D8-35-4B-56-3C-49-56-FD-D6-CA-E5-A7-7F-1D-4B-8B-C0-51-A9-F5-A3-40-F3-47-12-6A-43-88-9D-0D-95-3E-6B-8A-C3-94-4E-F0-BD-B0-89-4D-C4-54-80-37; prod_agencyID=p60089897; u_depart=%E5%8D%8E%E4%B8%BA%E6%8A%80%E6%9C%AF%2F%E7%BB%88%E7%AB%AFBG%2F%E7%BB%88%E7%AB%AF%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E9%83%A8%2F%E7%BB%88%E7%AB%AF%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E7%A5%A5%E4%BA%91%E4%B8%8E%E5%A4%A7%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%B9%B3%E5%8F%B0%E9%83%A8%2F%E7%BB%88%E7%AB%AF%E4%BA%91%E6%9C%8D%E5%8A%A1%E5%9F%BA%E7%A1%80%E4%BA%91%E5%B9%B3%E5%8F%B0%E5%BC%80%E5%8F%91%E9%83%A8; prod_cftk=AOB 四、根据上述一二三点编写一个python脚本每天5点请求下载一次。
05-23
下载函数用requests.get，设置stream=True，检查响应状态码，然后从headers中提取文件名，比如用split和strip处理content-disposition。保存文件时使用withopen和响应内容的迭代。需要提醒用户安装必要的库，比如...
HTB：CodeTwo[WriteUP]
如有错误感谢斧正
08-21 1743
这里重点关注RCE类型的沙箱逃逸类漏洞，可以尝试对js2py.eval_js函数进行漏洞检索。/home/app/app/为/root/.ssh/靶机IP：10.10.11.82。npbackup.conf文件。由输出可见大概率是MD5。
feapder爬虫框架使用
weixin_58584029的博客
04-02 4181
summary: 校验函数, 可用于校验response是否正确 若函数内抛出异常，则重试请求 若返回True 或 None，则进入解析函数 若返回False，则抛弃当前请求 可通过request.callback_name 区分不同的回调函数，编写不同的校验逻辑。这里可以设置代理，headers，cookies等，以字典的键值对形式传递，feapder封装的所有的请求都会走这里，传递加密密文可以从这里传递。spider为分布式爬虫，airspider为一般的轻量级爬虫，选择第一个轻量级的爬虫就可以了。
生信笔记 | 自定义GSEA分析中的gmt格式文件
BioInfoNotes
09-23 1万+
在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是...
写一个函数把基因集写出成为gmt文件
m0_51042606的博客
10-04 5124
作业3-1：https://mp.weixin.qq.com/s/KuT_idnNE3kib-R0ItIt1A 代码借鉴Jimmy老师的，学习如何将一个基因集写出成为gmt文件。 1. 关于gmt文件 在做GSEA或GSVA分析的时候，通常需要读入gmt格式的文件，一般是在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库里下载的文件，如下: 标准的gmt格式文件为： 从图里可以看到，第一列是基因集的名称或者ID，第二列是相关注释(比如某个通路，也可自定义)，第3~n列是对
GSEA下载的.gmt文件批量处理
NickyCat的博客
04-15 4020
从GSEA下载了84个gmt文件，打算把里面的基因名整理出来。 0. 先观察一下格式 记事本打开几个个文件看了一眼，基本上都是以基因描述+基因名称展现的，中间用制表符隔开。 1. 数据读取 这里涉及到两个问题： 首先是.gmt文件的读取：我用了GSA包的GSA.read.gmt()； 其次是批量读取的实现：我用了lapply()函数 install.packages('GSA') library(GSA) path <- 'D:/immune' #文件的路径 fileNames <- dir
一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
热门推荐
悟道西方
04-26 6万+
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。 最近用自己数据实战分析时用到了该方法，故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。 从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因（基于先验知识的基因注释信息）中的基因是随机分布还是聚集...
使用GSEA读‘gmt文件‘时最后一行未遂问题解决
tRNA的博客
10-16 671
'gmt文件'时最后一行未遂
给GSVA制作自己的GMT文件
SPIDERFISHCOSMOS
09-20 5930
https://www.jianshu.com/p/1818267528bd 来自生信技能树 讲gmt文件的结构以及如何将gene set输出成gmt格式。 如何操作gmt格式的gene set？比如去掉重复基因。
R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理
m0_58549466的博客
12-18 700
不同格式各有所用。
单细胞测序流程（二）数据整理
qq_45478665的博客
07-06 1万+
** 数据整理 ** 准备数据：之前所下载的样本数据 将之前所下载的样本数据进行解压，使用excel将文件打开 发现所下载样本有两种情况，一，有基因名，二，无基因名，只有基因id 一，有基因名 1.使用excel将文件打开所下载的样本发现第一行为样品名，第一列为基因名，需要滑到最后将注释信息删掉。 2.将excel滑到顶端，发现样品名和基因名重叠了，需要将样品名全部向后移动一位，并将第一行第一列的位置命名为id 移动前 移动后 3.从数据末端开始往上移动复制全部内容（不要直接ctrl+a，会将没用的空格也
GMT和CST的转换
weixin_34293246的博客
05-13 854
    GMT时间是格林尼治标准时间。CST时间是指包含中国。美国。巴西，澳大利亚四个时区的时间。  在javascript中默认CST是指美国中部时间，倘若在javascript中GMT转换CST则两者相差14个小时。在java后台中默认的是北京时间，GMT转换成CST则相差8个小时。各个地方用CST时间得到的可能会有所不同。所以为了避免编程错误，一般使用GMT时间。下面是从其它地方找...
esp_task_wdt_init函数
最新发布
10-24
我们讨论的是ESP32的看门狗功能，特别是`esp_task_wdt_init()`函数。根据引用内容，该函数用于初始化任务看门狗定时器（Task Watchdog Timer, TWDT），可以设置超时时间和是否在超时时触发系统重启。 ### `esp_task...
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