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原创 The import and export of data in iPhlyo
The import and export of data in iPhlyo
2023-12-19 09:25:08
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原创 10stepsRNA-seq下游实践
03.29晚21：15-04.01早8：56 RNA-seq下游实践1.数据来源：GSE~~~~是某个蛋白唯一一个公开的RNA-seq数据2.实践内容：1.从上游得到的features counts转变为表达谱矩阵2.样本相关性分析，PCA，correlation，（orz:虽然只有四个样本????????）3.分别用DESeq2,edgeR,limma三种方法计算差异表达4.三种方法的比较5...
2020-04-01 11:35:54
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原创 CHIP下游分析（仅ChIPseeker包）
这个下游数据是来源自己上周分析的上游。。。。01.ChIPseeker安装BiocManager::install("ChIPseeker")library(ChIPseeker)02.准备或构建基因组注释库使用现有的library(org.Hs.eg.db)或者自己构建一个，指定gff3注释文件即可，小袁这里用的是gtflibrary(GenomicFeatures)spompe <- makeTxDbFromGFF('gencode.v33.annotation.gtf')
2020-08-20 22:35:34
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原创 RNA-seq 上游实战&排坑记录
RNA-seq 上游实战&排坑记录一．流程总览（每个流程几乎包括参数详解，代码，结果，报错，注意）01.安装conda02.安装软件03.数据下载04.sra to fastq05.fastqc质控06.Trim(除去低质量碱基和接头)07.Hisat2 Mapping08.sam to bam（格式转换，排序，建立索引，查看reads比对情况）09.bam to featurecounts二．环境/文件1.阿里云2核16G型云服务器，300G高效云盘；2.Hisat2官
2020-08-18 13:01:35
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空空如也
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