Naopore基因组数据组装软件---NextDenovo下载试用

1. 下载解压软件

NextDenovo软件是武汉希望组公司开发的组装软件，该软件是基于“string graph-based”组装软件，可以使用多样化三代数据组装（nanopore，pacbio， HiFi），组装HiFi数据时没有矫正过程，看文档中将HiFi这个选项划掉了，目前三代数据组装还是需要矫正这个步骤的。

该软件设计类似 canu 的“校正后组装”策略（对于PacBio的HiFi reads，则不需要校正步骤，因为本身这部分数据的质量就很高了。），但需要的计算资源和存储空间要少得多。 组装完成后，per-base 精度约为 98-99.8%，若要进一步提高单 base 精度，可以使用NextPolish（希望组的另一个软件）。

NextDenovo共有两个模块组成NextCorrect 和NextGraph，显然NextCorrect 使用来矫正的工具，NextCorrect 可纠正长reads中约15% 的测序错误（这样说可能在Nanopore的组装方面更具优势），而NextGraph则用来组装。

需要注意的是，NextDenovo不可以进行大基因组组装项目（genome size > 3.5 Gb），过大的基因组需要开发公司内部版本。那对于我们普通用户来说，显然该软件不适合小麦基因组组装（~16 Gb）。

但可以看出NextDenovo同样可以作为矫正软件使用，随后使用其他软件进行组装也是可以的（wtdbg，smartdenovo，miniasm，fly）。

https://github.com/Nextomics/NextDenovo/issues/52

软件github维护者回复：

在Github找到该软件地址，下载编译好的版本：

wget -c wget https://github.com/Nextomics/NextDenovo/releases/download/v2.5.0/NextDenovo.tgz
## Note: 
If you get an error like version 'GLIBC_2.14' not found or liblzma.so.0:
cannot open shared object file, Please download this version.

此外，本版本加入了Python 模块要求：

Python (Support python 2 and 3):
Paralleltask
## 下载python包
pip install paralleltask

解压NextDenovo完成：

## 解压软件
tar -vxzf NextDenovo.tgz && cd NextDenovo

## 调用软件版本信息
./nextDenovo  -v
nextDenovo v2.5.0

## 调用软件参数信息
./nextDenovo  -h
usage: nextDenovo [-l FILE] [-v] [-h]

nextDenovo:
	Fast and accurate de novo assembler for long reads
exmples: 
	nextDenovo run.cfg

For more information about NextDenovo, see https://github.com/Nextomics/NextDenovo

optional arguments:
  -l FILE, --log FILE  log file (default: pidXXX.log.info)
  -v, --version        show program's version number and exit
  -h, --help           please use the config file to pass parameters

2. 简单试用

该软件中包含一个小的测试数据集合（1000条fasta数据，用于初步试用软件）

测试序列

zcat ./test_data/reads_test.fa.gz  | wc -l 
2000
zgrep ">"  -c   ./