Naopore基因组数据组装软件---NECAT下载试用

1. NECAT软件简介和下载

NECAT（https://github.com/xiaochuanle/NECAT）是一种用于 Nanopore 长噪声reads的纠错和从头组装工具。该软件结果发表在Nature Communications上，可以去看原文学习：

Chen Y, Nie F, Xie S Q, et al. Efficient assembly of nanopore reads via highly accurate and intact error correction[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 1-10.

目前最新版本是2020-8-03日更新的。
下载直接使用conda了，方便：

conda activate necat
conda install -c bioconda necat
## 输出软件信息有点点问题，不影响使用
necat 
Smartmatch is experimental at /home/debian/bin/miniconda3/envs/necat/share/necat-0.0.1_update20200803-1/bin/Plgd/Project.pm line 263.
Usage: necat.pl correct|assemble|bridge|config cfg_fname
    correct:     correct rawreads
    assemble:    generate contigs
    bridge:      bridge contigs
    config:      generate default config file ## 生成config file

2. NECAT使用步骤（以拟南芥Nanopore数据为例）

根据github中quickstart介绍，首先需要将软件放入Linux环境变量中确保正常运行，之后开始：

（1）necat生成config文件

生成命令：

necat config  config.txt

config.txt 文件内容：

PROJECT