34、抗击新冠病毒:从病毒特性到药物设计与检测的全面解析

抗击新冠病毒:从病毒特性到药物设计与检测的全面解析

1. SARS - 冠状病毒 - 2 是什么

SARS - CoV - 2 属于冠状病毒科,这是一个拥有巨大包膜 RNA 的病毒家族。冠状病毒科染色体的 RNA 序列长达 27 - 32 kb,充满了相互关联的结构和非结构蛋白。SARS - CoV - 2 这个名称源于其约 82%的染色体 RNA 序列与 SARS 冠状病毒相同,50%与 MERS 相同,79%与 SARS 相似。其 X 射线衍射的 3D 晶体结构与在蝙蝠中发现的一组冠状病毒(蝙蝠 - SL 冠状病毒 - ZC45 和蝙蝠 - SL 冠状病毒 - ZXC21)约 88%相同。

冠状病毒是一种传染病,其表面有数千个刺状活性蛋白,呈王座状排列,主要分布在边界处,可感染猪、蝙蝠、牛、鸟类和其他哺乳动物。它还能快速变异并感染人类,引发呼吸道、肺部、胃肠道、肝脏、肾脏和中枢神经系统等部位的疾病。

这些感染可分为四种典型类型:α型新冠、β型新冠、MERS 新冠和 SARS - 新冠 - 2。在新冠 - 19 染色体组中,50 - 复制酶产生一种多聚蛋白。在 ORF - 1b 和 ORF - 1a 之间发生移码,形成两种多肽:pp1ab 和 pp1a,它们又细分为 16 种非基础蛋白(nsp - 1 至 nsp - 10 和 nsp - 12 至 nsp - 16),其相互突变由主要蛋白酶(M - pro)(nsp - 5,3CL - pro(3CL 蛋白酶)/M - pro)和 nsp - 3、PL - 蛋白酶(PL - pro)介导。

30 - 端调节多个核心蛋白分子,包括上皮层(M)、刺突(S)蛋白、核衣壳(N)、包膜(E)、血凝素 - 酯酶(HE)

复杂几何的多球近似MATLAB类及多球模型的比较 MATLAB类Approxi提供了一个框架,用于使用具有迭代缩放的聚集球体模型来近似解剖体积模型,以适应目标体积和模型比较。专为骨科、生物力学和计算几何应用而开发。 MATLAB class for multi-sphere approximation of complex geometries and comparison of multi-sphere models 主要特点: 球体模型生成 1.多球体模型生成:Sihaeri的聚集球体算法的接口 2.音量缩放 基于体素的球体模型和参考几何体的交集。 迭代缩放球体模型以匹配目标体积。 3.模型比较:不同模型体素占用率的频率分析(多个评分指标) 4.几何分析:原始曲面模型和球体模型之间的顶点到最近邻距离映射(带颜色编码结果)。 如何使用: 1.代码结构:Approxi类可以集成到相应的主脚本中。代码的关键部分被提取到单独的函数中以供重用。 2.导入:将STL(或网格)导入MATLAB,并确保所需的函数,如DEM clusteredSphere(populateSpheres)和inpolyhedron,已添加到MATLAB路径中 3.生成多球体模型:使用DEM clusteredSphere方法从输入网格创建多球体模型 4.运行体积交点:计算多球体模型和参考几何体之间的基于体素的交点,并调整多球体模型以匹配目标体积 5.比较和可视化模型:比较多个多球体模型的体素频率,并计算多球体模型原始表面模型之间的距离,以进行2D/3D可视化 使用案例: 骨科和生物力学体积建模 复杂结构的多球模型形状近似 基于体素拟合度量的模型选择 基于距离的患者特定几何形状和近似值分析 优点: 复杂几何的多球体模型 可扩展模型(基于体素)-自动调整到目标体积 可视化就绪输出(距离图)
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