1、生物信息学、生物计算与Perl编程入门

生物信息学、生物计算与Perl编程入门

1. 生物信息学概述

生物信息学是将计算技术应用于生物学研究的领域。尽管生物学研究已有数百年历史，但计算技术在生物学研究中的应用相对较新，近十年取得了重大进展。生物信息学领域正迅速发展和成熟，对全面的入门教材需求迫切。

2. 本书内容结构

本书分为四个主要部分：
1. 使用Perl编程 ：向生物信息学学生介绍编程，重点是让他们具备编写定制程序的能力，以满足研究需求。Perl因其出色的文件处理能力、对POSIX正则表达式的原生支持和强大的脚本编写能力而成为生物信息学家的首选编程语言。
2. 处理数据 ：从创建定制程序转向探索组织、存储、检索和处理数据的工具和技术。包括从互联网下载数据集、详细介绍蛋白质数据库（PDB）、非冗余数据集的重要性，以及关系数据库管理系统的使用，还涉及使用Perl程序查询数据库。
3. 使用网络技术 ：涵盖一系列基于网络的技术，掌握后可在互联网上发布研究成果和数据，解释与网络数据交互和查询的电子机制，Perl、HTML和CGI在这部分发挥重要作用。
4. 使用应用程序 ：介绍一套标准的生物信息学工具和应用程序。有时使用现有工具并控制其执行和交互更为合适，脚本技术（如Perl）在这方面特别有用。最后讨论“Bioperl项目”及其重要性。

3. 生物场景设定

3.1 生物序列分析简介

生物序列分析是生物信息学的重要组成部分，它涉及对DNA、RNA和蛋白质序列的研究