Bluescape的博客

DeepWiki是由人工智能初创公司Cognition推出AI代码分析工具，依托于该公司旗下的AI产品Devin运行，本质上是一个提供结构化知识管理的系统（https://deepwiki.com/deepskies/DeepWiki），通过对开源项目进行总结、提炼与结构化整理的方式帮助人们更轻松的理解Github项目。

本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写）2.1 替换文件中所有"old"为"new"2.2 查看目录下文件权限，修改日期等详细信息。3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔）2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳）1.1 查看文件尾部（实时追踪日志）3.3 自定义分隔符（CSV文件）1.3 查看大文件（支持搜索跳转）场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等。

在基因介绍的部分，涉及的信息主要包括：（1）基因信息（Entry, Name, Definition）（2）Pathway，该基因参与了哪些通路（3）Disease，该基因涉及哪些疾病（4）Brite，该基因涉及的通路的分级关系，即展示A级通路-B级通路-C级通路-基因的分层级关系信息）（5）genes，该基因的各个物种中的同源基因。（6）该基因的参考文献的信息。2. 其次生物体内信号通路交叉调控，形成了复杂的网络，因此KEGG中的通路图，大多也是几个通路胶合在一起的，再看通路图时，我们需要化繁为简。

此外，系统发育树使用了来自多个物种的同系物进行树木分析，结果（图1A）表明MsMYB35与MtMYB35、PsMYB35、TrMYB35和GmMYB35 密切相关，形成一个具有高bootstrap值的强进化枝 （100），表明具有相当大的进化相似性。首先，需要准备用于分析的序列数据，可以是 DNA、RNA 或蛋白质序列。（2）这里以ClustalW为例，上方点击Align by ClustalW后，出现如下的参数选择页面，一般情况下全部使用默认参数即可，点击右下角的OK选项进行比对。

WGCNA，全称为weighted gene co-expression network analysis，即加权基因共表达网络分析。它是一种分析多个样本基因表达模式的分析方法，可将表达模式相似的基因进行聚类，并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。

1.菜单●File：文件菜单。Import：导入网络或表格。Export：导出网络图片或表格，也可导出为网页。Open Session / Open Recent Session：可以打开 Cytoscape 文件或列出最近打开的会话文件，以便快速访问。New Network：创建新网络，可以编辑空白网络，也可以从一个现有网络创建。Save Session：保存会话文件。●Edit：编辑菜单。可以进行撤销重做等。撤消和重做功能适用于最近执行的 10 个任务。

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