ribosomal profiling
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蓝景科信
主要技术服务:DAP-seq,RAP-seq,ChIP-seq,CUT&Tag,DNA Pull Down,Ribo-seq,EMSA,重组蛋白表达,蛋白Pull Down等生物大分子相互作用。
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Polysome profiling文章 | 在早期脑发育中ADAR3通过调控mRNA稳定性与翻译,抑制神经元分化
ADAR3是RNA腺苷脱氨酶家族中一个无催化活性的成员,本研究探讨了其在小鼠大脑发育中的功能。ADAR3的表达水平在胚胎发生过程中逐渐升高,而在出生后则下降。利用原代皮层神经元,作者发现在体外分化的神经元中,只有一部分亚群表达ADAR3,这表明ADAR3在大脑中并非充当ADAR编辑的通用调节因子,而是具有特定功能。ADAR3相互作用组的分析提示,其在mRNA稳定性和翻译过程中发挥作用。进一步分析发现,在原本不表达ADAR3的神经元细胞系中表达ADAR3,会改变大量mRNA的表达水平与稳定性。原创 2026-08-27 14:18:53 · 205 阅读 · 0 评论 -
Nature Oncogene(IF:9.1) 2026|Ribo-seq与Polysome profiling联合构建OCCC翻译全景,揭示RBM4介导的翻译调控促癌新机制
OCCC是卵巢上皮癌罕见亚型,发病率3.7%~12.1%,对铂类化疗高度耐药,晚期患者5年生存率仅20%,复发风险极高;临床统一使用铂+紫杉醇常规化疗,缺少针对性靶向方案。既往OCCC多组学研究仅局限于基因组(ARID1A高频突变)、转录组RNA-seq、蛋白质质谱,完全缺失翻译层级的系统研究。2026.06.05北京协和医院团队在Oncogene( Nature子刊)在线发表题为“The translation landscape of ovarian clear cell carcinoma indic原创 2026-07-27 15:06:47 · 178 阅读 · 0 评论 -
Riboseq研究思路解析-植物领域篇
Riboseq通过捕获核糖体保护的mRNA片段(RPFs),与RNAseq数据联合计算翻译效率(TE=Riboseq丰度/RNAseq丰度),直接量化基因在翻译层面的调控强度。该方法能区分环境胁迫中转录与翻译调控对蛋白质合成的贡献差异,为解析解决“作物如何通过蛋白质合成重编程响应逆境?”这一核心问题提供关键技术支撑。原创 2025-09-25 11:30:35 · 966 阅读 · 0 评论 -
Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息,连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息,连接转录组学与蛋白质组学的桥梁原创 2025-04-10 13:42:42 · 944 阅读 · 0 评论 -
m6A MeRIP-seq联合Ribo-seq的研究思路
m6A(N6-甲基腺苷)是常见的RNA修饰,影响mRNA的稳定性、翻译和降解。m6A MeRIP-seq用于全基因组水平检测m6A修饰,而ribo-seq则用于研究翻译过程。联合这两种技术可以揭示m6A修饰对翻译的调控机制。原创 2025-04-03 11:16:14 · 1144 阅读 · 0 评论 -
Cell文献:转座子外显化构成了一个受进化选择的功能蛋白质亚型储库
ribo-seq和RNA-seq二者相互配合,从转录和翻译层面,为研究转座子元件外显子化产生的 JET-ORFs 提供关键数据,助力阐释其在蛋白质组中的作用和生物学意义。原创 2025-03-24 13:37:22 · 722 阅读 · 0 评论 -
Polysome Profiling助力揭示小核仁RNA SNORA13调控细胞衰老的分子机制
不过,在致癌基因诱导下缺失SNORA13的细胞中翻译水平有所增加,但这可能是由于这些细胞相对于野生型细胞持续增殖的次要后果,因为p53的缺失也会导致这些条件下翻译的增加。最后,在小鼠中鉴定到了三个SNORA13的同源基因,且仅在同时敲除三个同源基因后才会导致60S亚基增加,这与人类细胞中的表型一致。之后,利用OIS小鼠模型,进一步证明了。之后,研究者构建了SNORA13的突变体,发现SNORA13突变后丧失了引导假尿苷化修饰,但仍能与RPL23结合,而且突变体可以恢复SNORA13敲除导致的细胞衰老表型。原创 2024-12-30 10:29:16 · 1011 阅读 · 0 评论 -
翻译组学研究技术介绍和应用
越来越多的研究结果表明,mRNA的丰度和蛋白质的丰度存在较大差异,这主要是由于在翻译过程中存在复杂的调控机制。翻译组学是一种对核糖体结合的RNA进行捕获和测序的技术,是连接转录组学和蛋白质组学的重要桥梁和枢纽。原创 2024-10-09 13:10:31 · 1964 阅读 · 0 评论 -
siTOOLs Biotech中国总代理蓝景科信 riboPOOL植物通用核糖体RNA(rRNA)去除探针试剂盒——高效去除开花植物(被子植物)核糖体RNA
Pan-Plant riboPOOL植物通用型核糖体RNA去除试剂盒通用高效去除开花植物(被子植物)核糖体RNA高效的rRNA去除试剂广泛覆盖开花植物适合叶片、种子和根等各种组织部位可去除28S, 18S, 5.8S & 5S rRNA可去除线粒体 rRNA可去除质体rRNA(包括叶绿体)高丰度的核糖体 RNA (rRNA)限制了转录组测序中目的RNA的检测。植物通用型 riboPOOL 为您提供特异性去除开花植物rRNA的通用解决方案,适合叶片、种子和根等各种组织部位,可去除原创 2020-09-29 14:24:34 · 699 阅读 · 0 评论 -
riboPOOL—适合任意物种(真核生物、原核生物、高丰度mRNA)的核糖体RNA/rRNA去除方案(探针法)siTOOLs Biotech中国总代理蓝景科信
RNA测序是一种高度准确且灵敏的转录组追踪工具。然而,一些丰度很高的RNA种类却影响了NGS文库制备,浪费了宝贵的测序资源。在提取到的总RNA中,核糖体RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,还有2-3%是非编码RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。所以,在RNA测序的过程当中,首先要解决的问题,是如何去除核糖体RNA(rRNA)。riboPOOL是来自德国siTOOLs Biotech的核糖体RNA去除产品,能够高效去除与研究无关的RNA,让研究人原创 2020-07-07 14:40:41 · 3111 阅读 · 0 评论
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