python：ete3 用于系统进化树探索的工具包

原创已于 2024-09-23 20:39:36 修改 · 1.2k 阅读

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#python #ete3

于 2024-09-22 20:11:09 首次发布

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ETE3 全称为"python Environment for Tree Exploration Toolkit version 3"，是一个Python库，用于生物信息学领域，特别是构建、操作和渲染进化树。它提供了一个高级API，可以方便地读取多种格式的基因组数据（如新ick、nhx、phylip等），进行树的构建、搜索、修饰，以及进行一些基本的比较和分析。ete3 支持各种图形输出，包括PDF、SVG、HTML和PNG，使得生成美观的科学报告变得简单。

使用ETE3，你可以完成的任务包括：
1. 构建和解析进化树文件。
2. 进行树的遍历和操作，比如分支长度调整、节点添加删除等。
3. 执行常见的生物统计分析，如分支和支持度计算。
4. 创建交互式可视化的网页应用，展示和探索树木结构。

conda install -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps

D:\Python39> pip install ete3
Downloading ete3-3.1.3.tar.gz (4.8 MB)
Successfully built ete3
Installing collected packages: ete3
Successfully installed ete3-3.1.3
--- pip show ete3
Summary: A Python Environment for (phylogenetic) Tree Exploration
Home-page: http://etetoolkit.org

D:\Python39\Scripts>where ete3
D:\Python39\Scripts\ete3.exe

D:\Python39\Scripts>ete3 -h
Traceback (most recent call last):
  File "D:\Python39\lib\runpy.py", line 197, in _run_module_as_main
    return _run_code(code, main_globals, None,
  File "D:\Python39\lib\runpy.py", line 87, in _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "D:\Python39\Scripts\ete3.exe\__main__.py", line 4, in <module>
  File "D:\Python39\lib\site-packages\ete3\tools\ete.py", line 55, in <module>
    from . import (ete_split, ete_expand, ete_annotate, ete_ncbiquery, ete_view,
  File "D:\Python39\lib\site-packages\ete3\tools\ete_view.py", line 48, in <module>
    from .. import (Tree, PhyloTree, TextFace, RectFace, faces, TreeStyle, CircleFace, AttrFace,
ImportError: cannot import name 'TextFace' from 'ete3' (D:\Python39\lib\site-packages\ete3\__init__.py)

参阅：ete3 中文教程

ETE Cookbook (etetoolkit.org)