28、剪枝设备、距离几何与树宽最多为四的图缩减实验评估

剪枝设备、距离几何与树宽最多为四的图缩减实验评估

在分子结构研究和图论算法设计中，有两个关键领域值得深入探讨：一是分子距离几何问题（MDGP）中的剪枝设备，二是树宽最多为四的图的缩减算法。下面将详细介绍这两个方面的研究内容。

分子距离几何问题中的剪枝设备

在MDGP的研究中，iBP算法是首个能够处理区间数据的离散搜索算法，目前可应用于与蛋白质骨架相关的MDGPs。研究人员对一组包含核磁共振（NMR）真实数据的实例进行了研究，以分析剪枝设备对问题求解的影响。

实验设置

对于每个蛋白质，进行了4组实验，考虑了以下剪枝设备组合：DDF、DDF + TAF、DDF + SSF、DDF + TAF + SSF。iBP算法在找到第一个解时停止，并记录每组实验的CPU时间（秒）。

剪枝设备的影响评估

以iBP调用次数作为衡量新添加剪枝设备影响的有效指标：
- iBP调用次数减少 ：当iBP调用次数减少时，说明新添加的剪枝设备能够识别出DDF无法识别的不可行原子位置，从而更快地引导搜索向可行位置进行，此时CPU时间也会减少。例如，对于螺旋2jmy，当在标准DDF中添加剪枝设备TAF时，iBP调用次数减少了两个数量级。在与蛋白质2ppz相关的实验中，将TAF添加到DDF或DDF + SSF中时也出现了类似情况。
- iBP调用次数增加 ：当iBP调用次数增加时，意味着新的剪枝设备将之前认为可行的原子位置判定为不可行，搜索会聚焦于搜索域的不同部分。虽然此时CPU时间可能增加，但所获得解的质量会有所提高。在大多数实验中，这种情况更为常见，新