31、序列比对模块详解

序列比对模块详解

1. 视图迭代器操作与随机访问范围

在处理视图时，视图会根据底层范围的迭代器操作符来实现自身迭代器的操作符。若传入双向范围，新迭代器的 operator++ 会基于底层迭代器的 operator++ 来定义；若传入随机访问范围，以底层范围的 operator[] 来实现多数操作会更方便，因为其复杂度与 operator++ 相同。

不过，若传入视图的随机访问范围在复杂度上存在误导， operator++ 可能会变得很慢。若该范围被正确识别为仅双向范围，派生视图会选择复杂度为 $O(1)$ 的不同实现。因此，更保守的做法是默认将 seqan3::pseudo_random_access_ranges 视为 std::ranges::bidirectional_ranges 。了解其影响的用户可通过 seqan3::views::enforce_random_access 选择“真正”的随机访问标签，这对仅适用于 std::ranges::random_access_ranges 的算法尤为有用。

2. 评分子模块

评分是序列比对的重要组成部分，也可单独用于对两个序列（无论是否对齐）或两个单个字符进行评分。该子模块支持对单个字符评分，并提供处理间隙字符和间隙区间的功能。在这些功能基础上，可轻松实现对现有对齐的重新评分。计算两个未对齐序列的最优对齐（包括得分）将在后续介绍。