22、SeqAn3中的容器与视图

SeqAn3中的容器与视图

1. 容器

1.1 位压缩容器

在C++中，单个对象若单独存储，至少需要一个字节的内存空间。但实际上，几乎所有字母表都可以用更少的位来表示。因此，通过位压缩存储可以节省大量的存储空间，即不单独存储元素，而是以压缩形式存储。

可以使用 seqan3::bitcompressed_vector 来实现这一点，它的接口与 std::vector 几乎相同。不过，由于元素不是相邻存储的（它们被压缩了），这种类型仅满足 std::ranges::random_access_range 概念，而不满足更强的 std::ranges::contiguous_range 概念。位压缩向量要求其元素是字母表类型，并且可以默认构造（所有容器都有此要求）。

在SeqAn2中，有类似的类型 seqan::String<T, seqan::Packed<THostSpec>> 。SeqAn3的实现内部使用了SDSL库中的 sdsl::int_vector ，但提供了完整的容器接口，并能进行与秩的转换（转换后的秩存储在 sdsl::int_vector 中）。当调用容器的 operator[] 或解引用其迭代器时，会返回一个代理类型，该类型派生自实际的字母表类型（并且可以转换为该类型），但提供了自定义的赋值运算符，以便正确更新底层数据。这与访问 seqan3::alphabet_tuple_ba