16、SeqAn3小模块介绍与性能分析

SeqAn3小模块介绍与性能分析

1. 引言

SeqAn3包含多个小模块，这些模块为其实现提供了实用基础。下面将详细介绍这些小模块的特点和功能。

2. 各模块介绍

2.1 参数解析器模块

参数解析器模块有诸多改进。它能根据添加的选项推断类型，之前需额外枚举参数实现。还能基于变量值设置默认值，避免用户设置冲突类型或在错误位置定义默认值。同时，不会忘记提取值，因为定义选项/标志时需指定目标变量。

错误处理方面，现在用C++异常而非返回值表达错误，特定解析格式通过 std::exit() 提前终止程序，使解析器使用更简洁。

策略上，该解析器遵循POSIX约定并实现流行的GNU扩展，具备以下新特性：
- 标志可组合书写，如 -xzf 等同于 -x -z -f 。
- 选项有短（单破折号+单字符）和长（双破折号+字符串）指定符，如 -s TEST 、 -sTEST 、 -s=TEST 、 --str TEST 和 --str=TEST 等效。

将参数解析器作为单独库发布，能让不关注SeqAn的用户使用，也确保SeqAn3仅采用生物信息学相关必要特性。

2.2 核心模块

核心模块提供与SeqAn3紧密耦合且多个模块都需的实用工具。其概述如下表：
| 核心模块 | 子模块 | 重要头文件 |