15、SeqAn3：设计、管理与结构解析

SeqAn3：设计、管理与结构解析

1. SeqAn3项目管理与社会层面问题

研究软件工程师（RSEs）在学术界面临着独特的挑战。主要问题在于学术界普遍缺乏对软件在科学研究中价值的认可，以及对生产高质量软件所需的时间和资源投入的忽视。这种情况导致RSEs难以在学术体系中获得声誉，许多研究软件的开发也变得不可持续，不少项目在短时间内就被放弃。

SeqAn项目在学术团队中开发，该团队主要专注于计算方法的研究。虽然SeqAn在团队内的可见度相对较高，但由于团队成员各自有具体的工具或应用研究重点，在Andreas Gogol - Döring离开项目后，缺乏专门致力于库的改进和维护的人员。过去十年，主要开发者都是博士生，团队人员流动大，这使得构建一个全面了解项目各方面的有效团队变得困难，还导致库内代码风格和范式的碎片化以及概念上的倒退。

Knut Reinert在宏观层面提供了出色的领导，他为研究提供重要见解和方向，成功获取项目资金，并每年吸引新的学生参与SeqAn的工作。但专业的软件产品还需要技术层面的领导，自2016年底开始，这一角色由作者担任，René Rahn也分担了许多责任。后来组建了“SeqAn核心团队”，让更多开发者参与决策过程，这提高了项目的“容错性”，规范了知识转移和交接流程。

团队除核心成员外，还有许多定期参与库开发的成员，他们主要专注于应用开发。新成员会接受入门培训和结对编程，以融入团队并学习基本要求。团队至少每周开会，核心团队还会额外深入讨论问题，并记录会议结果。为保证源代码质量，采用了双重审查流程，所有对库的更改都以拉取请求的形式进行，需得到两名不同团队成员的批准才能合并。作为开源项目，还编写了贡献者指南、问题和拉取请求模板，并引入了行为准则