stranded 和 non-stranded RNA-seq

stranded 和 non-stranded RNA-seq 的表达谱分析和基因overlap研究的比较

原文链接:Comparison of stranded and non-stranded RNA-seq transcriptome profiling and investigation of gene overlap

背景

non-stranded RNA-seq的建库存在的问题:不能确定每个转录本(transcript)是来自哪条链,没有链特异信息,则难以准确量化基因的表达水平,尤其是在genomic loci有重叠,但是转录方向是相反的这些基因。

strand-specific or stranded RNA-seq的建库方式能够保留链的信息。

实验结果

材料:whole blood RNA samples 

处理:stranded 和 non-stranded RNA-seq 

结果:stranded 和 non-stranded RNA-seq 的基因表达分析表明,stranded RNA-seq 能识别更多的差异表达基因。这主要是因为能够更准确的估计在genomic loci有重叠,但是转录方向是相反的基因的表达水平。

建议:使用Stranded RNA-seq方式建库。

Non-stranded 和 stranded RNA-seq 建库步骤的比较

区别:

(1)cDNA 合成中,第二条链合成是否使用dUTPs代替dTTPs;

(2)文库建成后,是否降解第二条链。

Non-stranded versus stranded RNA-seq protocol.

例1:

The mapping profiles for IL24 in Replicate PFE1. In non-stranded RNA-seq, all reads mapped to IL24 are counted regardless if they are in the forward or reverse strands. However, in stranded RNA-seq, nearly all reads are mapped to the “+” strand and thus not counted because these reads are not reverse complementary to IL24 in the “+” strand. However, the coverage pattern of sequence reads does not support the sequence reads mapped to the IL24 genomic region that truly originate from this gene. All genes, transcripts, and sequence reads are colored in blue if they are in the “+” strand and colored in green if in the “−“ strand

例2:

The mapping profiles for ICAM4 (intercellular adhesion molecule 4) in Replicate PFE1. The gene ICAM4 is on the “+” strand, and 100 % contained within CTD-2369P2.8 in the “−“ strand. In non-stranded RNA-seq, the ambiguous reads in overlapping regions are excluded from counting, which explains why there is no expression for ICAM4. However, the ambiguous reads can be perfectly resolved in stranded RNA-seq. By considering the read direction, all reads can be counted to ICAM4 because they are reverse complementary to ICAM4, but not CTD-2369P2.8

资源下载链接为: https://pan.quark.cn/s/abbae039bf2a DDC控制器是一种智能化的控制设备,广泛应用于筑自动化、工业控制以及环境监控等领域。它基于先进的微处理器技术,具备强大的数据处理能力灵活的编程功能。通过预先设定的程序,DDC控制器能够对各类传感器采集的信号进行分析处理,并根据预设的控制策略,精准地驱动执行器完成相应的操作。 在筑自动化系统中,DDC控制器可用于控制暖通空调系统,实现对温度、湿度、风速等参数的精确调节。它能根据室内外环境的变化,自动调整空调设备的运行状态,确保室内环境的舒适性,同时优化能源消耗。此外,DDC控制器还可用于照明控制,根据自然光照强度人员活动情况,自动调节灯光亮度,实现节能与舒适性的平衡。 在工业控制领域,DDC控制器可用于监控控制生产线上的各种设备。它可以实时采集设备的运行数据,如温度、压力、流量等,通过分析这些数据判断设备的运行状态,并及时发出指令调整设备的运行参数,确保生产过程的稳定性产品质量的可靠性。 DDC控制器具有高度的可靠性稳定性,能够在恶劣的环境条件下长期稳定运行。其模块化的设计便于安装、调试维护,用户可以根据实际需求灵活配置控制器的输入输出模块。此外,DDC控制器还具备良好的兼容性,能够与多种类型的传感器执行器无缝对接,构完整的自动化控制系统。 总之,DDC控制器凭借其卓越的性能广泛的应用领域,已成为现代自动化控制系统中不可或缺的核心设备,为实现智能化、高效化节能化的控制目标提供了有力支持。
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