MCScanX的使用

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- - 介绍

介绍

MCScanX软件包含了两个部分，一个是MCScan算法；另一部分是后期的可视化分析。目前这个软件可以在MAC OS（需要提前安装xcode）和 linux（需要Java SE Develoment Kit和“libpng”）上使用。

核心程序包括：
- MCScanX 检测共线性区域，并比对到参考染色体上。
- MCScanX_h 和MCScanX类似，只不过输入文件是成对的用tab隔开的同源基因。
- duplicate_gene_classifier 基因分类
下游程序：
- detect_collinear_tandem_arrays
- dissect_multiple_alignment
- dot_plotter.java
- dual_synteny_plotter.java
- circle_plotter.java
- bar_plotter.java
10.add_ka_and_ks_to_collinearity.pl
11.group_collinear_genes.pl
12.detect_collinearity_within_gene_families.pl
13.origin_enrichment_analysis.pl
14.family_circle_plotter.java
15.family_tree_plotter.java

安装

$ wget http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/MCScanX.zip
$ unzip MCScanX.zip
$ cd MCScanX
$ make
$ cd ..
$ sudo mv MCScanX /opt/biosoft/

make blastn.result -4

准备两个fa文件，各自建库：**makeblastdb -in pro1/2.fa -dbtype prot -parse_seqids -out pro1/2 -logfile pro1/2.log **
blastn：
- 各自比对各自，展现物种内共线性；**blastn -db pro1/2 -query $fIn1/2 -out pro11.blast -outfmt 6 -num_threads 8 -evalue 1e-10 -num_alignments 5 &**
- 两两互相比对，展现物种间共线性；**blastn -db pro2/1 -query $fIn1/2 -out pro11.blast -outfmt 6 -num_threads 8 -evalue 1e-10 -num_alignments 5 &**

Make gff -2

准备体现fa在genome上位置的文件,生成各自gff文件：ch1\tpro_ID\tpos1\tpos2\n chrID以两个字母开头+数字（+字母等）
cat pro1.gff pro2.gff >pro.gff

make collinearity

`alias MCScanX='~dna/Environment/biotools/MCScanX/MCScanX/MCScanX'
MCScanX ./pro`

#pro.gff 和pro.blast 名字前缀一样；生成.tandem .collinearity .html/ 若没有tandem生成，可能是因为blast文件有错，比如缺少二者的比对。

collinearity: 成对的共线性区域
tandem: 串联基因
html: 共线性可视化的html文件，里面有很多小文件，文件名称是根据参考基因组染色体编号来的。第一列是每个基因位点的复制深度，第二列是基因参考染色体，红色部分是串联基因，后面黄色部分的内容是比对上的共线性区域，只有哪些比对上的基因会被展现出来。html文件可以用网页浏览器打开。

make .ctl

circle.ctl

print Circle “1000\t//plot width and height (in pixels)\n”;
print Circle join(“,”,@chr1),”,”,join(“,”,@chr2),”\t//chromosomes in the circle\n”;

dot.ctl

print Dot “800\t//dimension (in pixels) of x axis\n”; 宽
print Dot “800\t//dimension (in pixels) of y axis\n”; 高
print Dot join(“,”,@chr1),”\t//chromosomes in x axis\n”;
print Dot join(“,”,@chr2),”\t//chromosomes in y axis\n”;

make .png

cd /mnt/ilustre/users/dna/Environment/biotools/MCScanX/MCScanX/downstream_analyses \
&& java circle_plotter -g $dir/pro.gff -s $dir/pro.collinearity -c $dir/pro.circle.ctl -o $dir/pro.circle.png 
java dot_plotter -g $dir/pro.gff -s $dir/pro.collinearity -c $dir/pro.dot.ctl -o $dir/pro.dot.png