本文介绍了使用MCscanX进行数据分析时可能遇到的三种错误情况，包括blast文件和gff文件格式问题，gff文件错误导致数据被排除，以及gff文件内容整理。纠正这些错误后，可以得到正确的Ka/Ks结果，并进行了下游的kaks分析。文章还提及了所需的perl模块安装以及最终获得的共线性基因对的Ka和Ks值，为后续的绘图分析提供数据基础。
利用MCscanX进行数据分析的文章已经有好几个了，大家可以看文末链接，里面比较详细。我主要是从自己的经验出发，把中间的错误都写出来，希望帮到有需要的朋友。
1 第一种情况是没有一个共线性基因对。 这种时候是blast文件和gff文件都不是正确格式（如下图所示）
2 第二种情况是blast文件对的，但是gff文件错误，下图显示所有数据都被排除（下图的296144discarded）
3 第三种情况，如果blast文件是通过 blastp 产生的，中间没有修改过，这个文件一般不会出问题。我的情况是gff文件总出错，主要是中间包含从gff3文件提取需要的几列（文末链接文文章有方法），这块容易出问题，理论是tab分割符的txt文件（如果你确保内容没问题，可以多试试不同版本的tab,比如windows的tab分割符文件）。
正确结果如下
4编辑cds文件，便于后续分析，这块是移除注释信
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