bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.

最新推荐文章于 2024-10-13 21:28:18 发布
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#python #linux

本文解决了一个常见的生物信息学问题：bwamem比对过程中出现的解析amb文件错误Parseerrorreadingref.fa.amb。问题通常源于FASTA文件中存在空格或空行。解决方案包括使用Python的strip()函数清理文件，或手动删除多余空格，之后重新进行bwaindex及bwamem操作。
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bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.

这个问题我在外网上找到了答案👇，
https://www.biostars.org/p/228886/（原网址）
在这里插入图片描述

其实是一个很小的问题，或许你的fasta文件里存在着空格、空行，总之，any space
用python的strip()函数处理一下（文件小也可以手动删除），再重新bwa index 再bwa mem就可以运行下去了。

这告诉我们，出现了问题在论坛上找不到答案，还可以百度啊，百度很强👍

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