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RSS订阅原创 git clone 和 下载zip文件到本地，再上传到linux上解压使用，有区别吗？
这两者下载方式都可，区别在于，`git clone`方法下载权限、软链接、可执行位全部保持原样；而ZIP下载常常丢失执行权限。所以，如果能用`git clone`，第一时间用；但是如果不能，也不用太担心，在linux上解压后，补上执行权限即可（`chmod +x`）。
2025-12-07 02:50:43
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原创 Linux新账号安装mamba--新手友好型
现在大家都在用mamba了。用conda安装mamba。个人觉得还是累赘了，本来conda安装就慢，还用体验一次conda安装，要了老命了朋友。直接安装mamba。之前我用的是，但是现在Mambaforge停用了所以，我用的是。下载哪个版本看你的linux是哪种架构，一般都是x86_64送佛送到西，这里提供一个如何查看自己的linux平台是哪种架构：使用 uname 命令 或者 arch 命令uname命令用于显示系统信息。
2025-10-01 00:31:39
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原创 linux上安装methylkit -- 安全下车版 （正经版： Linux环境下安装methylKit的实践与避坑指南）
Linux环境下安装methylKit的实践与避坑指南 本文分享了在Linux系统中安装methylKit包的经验教训。通过mamba创建独立环境并指定data.table版本为1.14.8，成功解决了"key<-"函数报错问题。安装过程中需注意网络质量（建议7-9点下载）和版本兼容性（当前bioconda仅支持1.28.0版本）。文末提供了验证安装成功的详细步骤，包括环境激活、R包路径设置及测试代码。同时指出本地安装可考虑升级R到4.4版本获取最新版methylKit。
2025-08-29 12:30:44
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原创 被迫在linux上用R（真的很难用啊）之如何在linux上正常使用R
2 转变思维，都在linux上使用R了，就不要想着可视化，别像win上那样安装一个包就install.packages()。这里巨坑，因为，首先可能会安装到默认环境中的R中，而不是指定环境中；其次，存在依赖下载不全或版本不符合导致下载不成功。在我不断试错，不断尝试过程中（恩，新手疯狂踩坑）1 mamba创建一个新环境，在新环境中使用R。3 所以，转变成linux下载软件的形式，恩，只要网络好，就能成功下载下来。再运行R的脚本，就没问题了。在linux上使用R。
2025-08-27 12:21:05
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原创 conda或mamba install 相关软件报错
这个错误挺常见吧，不用怀疑这怀疑那，就是下载的网速不行，那句“Operation too slow. Less than 30 bytes/sec transferred the last 60 seconds” 就是这个意思。暂时这样，目前也没有什么好的解决办法。如果你的源没有加上国内镜像，那赶紧去加，国内访问境外源就是慢，怎么加网上教程也有很多，类似于这样的。我这里只加了清华的，其他的加上也是可以的。前言：要明白的是，命令没问题，以前用mamba下载也下载成功过，所以这里讲的就是网速不好时能做的事。
2025-08-08 15:38:38
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原创 mamba install -c bioconda bowtie 安装报错，包括其他使用mamba安装软件报错
很久没写报错的贴了，如果用mamba安装软件出现以上报错，自己的镜像也是没问题的，那么大概率是你的网络不行，文中的报错翻译过来也是【网络太慢了】。我的解决办法是，用翻墙的网络，翻了之后再用相同的命令就跑成功了。
2025-07-24 20:06:03
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原创 如何在word中设置粘贴只保留文本，都是细节朋友们
我也是这样操作的，怎么就没有效果呢。朋友们，注意细节，把自己的word【剪切、复制和粘贴】特别是我圈出来的部分没勾上的勾上，然后再试，就可以了，可以了……其实我自己知道在哪设置，但是我设置完后没有效果啊。无奈去搜索了教程，教程很多，如下都可。
2024-11-23 01:16:08
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原创 大家是如何把RGB数值转换成十六进制的？
欢迎大家分享各自的做法，我会进行总结，让更多的朋友看到啊~我的做法是，先点击截图，截图会自动显示出RGB值！一般找图，觉得颜色好看，想用，又不知道RGB值。不知道这个网站还能用多久哦，且行且珍惜吧~再把RGB值输入到这个网站中👇。
2024-11-16 01:08:20
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原创 Adobe Illustrator(Ai)修图软件入门操作参考，收集查过的各个细节用法
到现在，对于Ai的使用也是一半一半，基本上都是用到啥就查啥。ps: 如果是pdf文件，取消蒙版，直接删除背景也可以做到。总结：在透明度选项那（属性），选择“正片叠底”，右边透明度100%即可。总结：菜单栏中的视图—标尺—显示标尺，再从标尺中就可以随意拖拽了。所以 我在这再备份一下，做个搬运工。
2024-11-16 00:37:22
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原创 如何用ggVolcano包画出简单火山图
如果不一样，比如有些"log2FoldChange"，在原数据里写的是”log2FC“，那么这里的代码就是log2FC_name = “log2FC”，或者更推荐的办法是直接进入原数据，把对应列名改成"log2FoldChange"。我这个是csv格式的文件，其实不论有几列，用这个R包画火山图的核心在于有ID列（即基因名），log2FoldChange列和padj列，其他的有没有都不重要。label_number = 0，我设成了0，因为我不需要在火山图里展示基因名，这里的数字个数就是展示的基因名个数。
2024-07-26 22:26:10
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原创 这贴专门记录用过的正则表达式的表达式
常用split来输出指定字符串的盆友应该知道，使用split，需要指定分割符，知道所需字符串所在的索引位置才能输出。而正则表达式的妙处在于，可无视复杂结构的字符串，快速找到类似结构的指定字符串；首先匹配到DNG三个字符(属于普通字符)，然后输出后面的数字（\d+）最后感想，re正则表达式作用广，规则多，尽量系统学习一下比较好！第一篇了解用法，第二篇了解compile规则。从0到1了解正则表达式，看这两篇就够了。这点对于提取网页结构的数据十分好用！
2024-07-06 18:33:14
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原创 linux split命令使用，看这一篇差不多了。
核心，用split按指定行分割文件，输出文件可以添加后缀，开始数字可以不从00开始，可以是01开始。最后，split 一共就这么多参数，如果还有什么别的需求再看看help吧~之后还用了split别的用法我再来补充。
2024-06-25 15:31:55
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原创 singularity bwa 使用 个人踩坑
个人使用singularity 调出bwa mem 比对，三个文件里一个文件的比对率一直在80%左右（正常能在95%以上的），其他文件比对正常，重复测试无果。用conda 安装上的bwa进行运行最后比对率达到了95%以上（同一版本的bwa）。总之比对这一步我建议还是用conda 安装好的bwa进行比对；如果singularity比对后出现比对率不高的情况也可以尝试这种方法。我想说的是，产生这个问题的原因可能是由于singularity 挂后台容易出现断连的问题，导致比对不完整(?
2024-06-19 00:26:54
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原创 Endnote20使用细节--从开始到结束
因为引用文献的格式是以第一作者姓氏+年份进行引用，文内标abc也是为了让读者正确的找到引用文献，是为了服务读者。新建了一个专栏【Endnote20使用–从实践中摸索】，本意是想把网上有用的Endnote使用博客集中在这一个专栏里，后面发现只能放我自己写的，emmm，那就暂时先这样吧。ps: 如果没有对应格式，目前我的做法是下载好几篇期刊最新文献的pdf，找其他期刊和本期刊类似格式的文件，下载使用。所以出现这一现象的原因是引用顺序造成的，我的默认引用顺序是字母，年份，标题。目前用到的就是这些。
2024-06-04 16:11:31
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原创 二代重测序运行过程中涉及到的基因组索引文件
delly使用时官方文件说需要基因组的index文件，没说哪种index（我觉得可能只有我有这样的困惑），直到我看见了example的数据文件……GATK call 变异时不仅需要基因组bwa的索引文件，还需要一个.dict的索引文件（注意dict前没有fna 或者 fa 的后缀）delly运行时需要的是fai的索引文件。暂时总结这么多，后续遇到再增加。
2024-04-07 21:46:30
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原创 vcf文件格式详解： 主要讲解FORMAT和之后的样本格式信息
记录的信息是GT基因判定的标准，随着测序深度的增加，一个位点的基因型三种类型都可能会出现（0/0，0/1，1/1 三者代表aa, Aa,AA a代表参考位点，A代表比对位点），那么应该判定该位点是什么基因型呢，就出现了PL的算法：归一化后各基因型的可能性。Genotype 基因型，主要包括 0/0 0/1 1/1。支持参考位点和比对位点的reads个数，因此有两个数值，参考位点，比对位点 DP 测序深度，其实等于AD的值的和。三个数值，依次代表0/0，0/1，1/1的可能性数值。
2024-04-06 01:02:07
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原创 问题---执行sh xxx.sh出现：Syntax error: “(“ unexpected (expecting “done“)
报错，Syntax error: “(” unexpected (expecting “done”)解决办法和原理，该博主说得十分清楚.
2024-03-17 02:49:43
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原创 RIdeogram使用报错，这坑总有一个你会踩……
end，value都是大写开头，包括需要准备的其他文件，文件名格式和列名一定要与RIdeogram示范文件一模一样！不是的哦，这个名称取决于上条命令设置的输入名称👇，默认是。哦，我亲爱的朋友们，这个报错看起来好像很严重，去看看工作路径，其实图已经出来了，这个。其实都是细节问题，列名设置和RIdeogram不一致。，如果要改输出名称，可以在convertSVG输出加参数。，或者直接去工作路径手动改运行出来的文件名吧。，或者在运行RIdeogram更改。2 ideogram导入数据报错。
2024-01-18 10:14:27
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原创 Docker镜像（本地tar文件）创建Singularity镜像（SIF文件）报错：FATAL: While performing build: conveyor failed to get: l
Docker镜像（本地tar文件）创建Singularity镜像（SIF文件）报错：FATAL: While performing build: conveyor failed to get: loading tar component manifest.json: archive/tar: invalid tar header解决办法
2023-08-12 15:58:31
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原创 新手用python嵌套for循环注意事项
需要明白一点的是，对于file这个文件的每一行，都把res文件遍历了一遍，相当于file文件有多少行，就把res文件打开了多少遍。（就是循环条件里尽量少设运算，只设循环满足条件，让循环能进行下去，这样能加快运算速度。那恭喜你，完美踩坑，因为整个代码运行下来，res文件就打开了一次啊，你不出错谁出错。那我再增加一点，当用for 打开文件时，对文件的每一行处理需要注意的事项。像我一般喜欢第一种方式，但对于嵌套for循环，可能就容易踩坑了。1 将循环次数多的循环放在内侧，循环次数少的循环放在外侧；
2023-04-27 10:43:49
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原创 关于第一列按染色体排序，第二列按照数值升序排序
“第一列能正常排序，第二列怎么不按数值排序，还是默认的排序方法呢？”关于第一列按染色体排序，第二列按照数值升序排序我踩的坑。
2023-03-31 00:47:21
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原创 非root用户无root权限安装python3.7.4出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法
问题：非root用户无root权限安装python3.7出现ModuleNotFoundError: No module named ‘_ctypes’解决办法问题来源，因为一般3.7以上版本编译安装时出现这种错误，是缺少libffi-devel依赖包即在安装3.7以上版本时，需要一个新的libffi-devel包做依赖或者说，在安装3.7以上版本前，需下载一系列的依赖包，需要哪些依赖包网上有博主写得非常好。......
2022-08-02 00:52:22
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原创 python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法
python中seaborn报错These `style` levels are missing dashes解决办法；ggplot2坐标轴顺序不对或如何在折线图中加平均值的折线和点解决办法
2022-07-18 22:47:00
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原创 Linux下hmmer安装避坑必看
Linux下hmmer安装开始一切都很平常、普通，安装过程下方链接可以去看看笔者是安装官方文档翻译的，写得十分详细，安装方法多样添加链接描述我是用wget安装的，一步一步按照说明安装$ ./configure 参数这里我用了自定义目录，安装在storage/home/software/hmmer-3.3.2/其他的安装步骤没有差别，但安装完，路径添加到 bashrc文件中，用的export PATH="$PATH:/storage/home/software/hmmer-3.3.2/"其
2022-05-23 21:35:26
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原创 2020-12-09 blastp参数学习
blastp -query insertions.fasta -out insertions.rep.blast -db repbase -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num-threads 10 -max-target_seqs 5分析blastp 蛋白序列与蛋白序列的对比，自建了数据库，本人用于查找重复序列USAGE blastp [-h] [-help] [-import_search_strategy filename] [-export_search_st...
2022-05-13 17:46:11
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原创 ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
问题：linux中python3.5安装python-igraph用python导入igraph出现的问题：ImportError: libicui18n.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory困扰我太多天了，一直没找到解决办法，感谢博主一波????https://www.kanzhun.com/jiaocheng/352611.html亲身实践，设置为相对路径可行...
2021-08-24 16:43:43
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原创 LF转CRLF方法
LF转CRLF方法方法一：Notepad++ 编辑→档案格式转换→转换为Windows格式(适合小文件)我的文件太大，所以Notepad++卡了。。。。方法二：用 .strip(’\n’)，去除，打印的行自动输出CRLF（原因：我认为因为电脑是Windows格式）部分代码：for line in file1:line=line.strip(’\n’)print(line,file=out)根据下图（别的博客总结的）strip()函数默认删除头尾空格或换行符，所以我尝试用.strip(’\
2021-04-11 17:28:12
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原创 bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.
bwa mem 比对发生解析amb文件错误 Parse error reading ref.fa.amb.这个问题我在外网上找到了答案????，https://www.biostars.org/p/228886/（原网址）其实是一个很小的问题，或许你的fasta文件里存在着空格、空行，总之，any space用python的strip()函数处理一下（文件小也可以手动删除），再重新bwa index 再bwa mem就可以运行下去了。这告诉我们，出现了问题在论坛上找不到答案，还可以百度啊，百度很
2021-01-26 16:39:01
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原创 笨办法学python——ex13.py
笨办法学python——ex13代码：from sys import argvscript,first,second,third,= argvprint(“The script is called:”,script)print(“Your first variable is:”,first)print(“Your second variable is:”,second)print(“Your third variable is:”,third)本人半小白一个，用的Jupyter Notebo
2020-12-21 14:41:19
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