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RSS订阅原创 宏基因组分析|CAZyme、eggNOG、CARD、VFDB功能注释（含完整脚本代码）
目标：基于非冗余蛋白质序列集（.faa），一次跑通四大数据库功能注释；涵盖环境/安装、数据库下载、标准参数、结果解读与与丰度矩阵联动（Salmon/计数）的方法学细节。
2025-10-09 10:30:00
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原创 宏基因组分析| 超详细 salmon基因定量教程
在做功能注释之前，先教大家把所有样本的 clean reads 准确、快速地定量到“非冗余核酸基因集（NR-genes, DNA）”上，用 Salmon 得到 TPM 与 NumReads 矩阵，直接用于后续功能丰度/差异分析。
2025-10-02 22:57:11
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原创 宏基因组分析|超详细dRep 去冗余 +GTDB-Tk 物种注释+构建物种进化树方法
宏基因组分析|超详细dRep 去冗余 +GTDB-Tk 物种注释+构建物种进化树方法
2025-09-23 17:10:51
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原创 宏基因组分析|分箱Binning+筛选高质量MAG方法
宏基因组分箱（Binning）核心流程指南 分箱是将混合的contigs按来源微生物归类为基因组箱（Bin）的关键步骤，可还原准基因组、识别低丰度物种。本教程采用Bowtie2+MetaBAT2+CheckM组合： 流程三步走 丰度计算：用Bowtie2比对reads生成contig深度文件 聚类分箱：MetaBAT2基于GC含量、序列长度和丰度特征聚类 质量评估：CheckM筛选完整性≥90%、污染率≤5%的高质量Bin 实操要点 预处理需重命名contig文件避免冲突 必须执行BAM排序才能正确计算深度
2025-09-19 10:21:52
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原创 宏基因组分析|物种注释——kraken2+bracken
新人秒会！宏基因组物种注释 + 丰度计算，用 kraken2+bracken 一步到位
2025-09-10 19:21:18
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原创 宏基因组分析|质控+去宿主
这篇推文不只罗列命令，更重要的是把“为什么这么做”讲透。你拿走的不只是一个流程，而是一套面向生产的思路：如何在可解释、可复现、可扩展的前提下，把“质控 + 去宿主”做干净。
2025-09-01 11:22:40
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原创 用Aspera下载NCBI数据，速度快100倍
Aspera—— 科研领域 “大文件传输的天花板”，今天从 “原理→安装→实战” 全拆解，新手也能直接上手。
2025-08-29 11:15:00
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空空如也
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