将文件夹下所有子文件夹中的sdf转mol2

最新推荐文章于 2024-10-22 00:31:24 发布

数学工具构造器

最新推荐文章于 2024-10-22 00:31:24 发布

阅读量2.4k

点赞数

分类专栏： shell

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/TQCAI666/article/details/99835557

版权

shell 专栏收录该内容

2 篇文章

订阅专栏

for i in `ls`
    do
    cd $i
        for j in `ls|grep .*.sdf`; do obabel  $j -omol2 -O $j.mol2; done
    cd ..
done

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

数学工具构造器

关注关注

0
点赞
踩
2

收藏

觉得还不错? 一键收藏
2
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

专栏目录

ConvertMAS:ConvertMAS转换化学文件格式mol，mol2和sdf。-开源

04-29

它适用于mol，mol2和sdf文件。它将单个文件转换为相应的格式。它将具有多个分子的sdf文件拆分为任何所需格式的单独的单个文件。 ConvertMAS还会根据mol，mol2和sdf文件的连接来创建sdf文件。这是独立的应用程序...

基于Open Babel将SDF转为MOL2格式

最新发布

MurphyStar的博客

02-17

708

SDF转为MOL2的格式转化步骤很简单，但是需要安装Openbabel软件，因为常用Python，索性Openbabel也支持Python，因此通过conda安装。总共包含了两个 Python 模块和，可用于访问工具包的功能。

2 条评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

【生物大分子入门】三. 配体分子的提取与结构表示方法

issey的博客

10-22

2143

在现代化学与生物信息学中，分子表示方式如SMILES、SDF、Mol2广泛应用于分子建模与药物设计中。本文通过具体示例展示了如何从PDB文件中提取配体分子，生成SMILES表示，并使用RDKit和OpenBabel实现分子的可视化和格式转换。我们分析了不同分子文件格式在表示分子结构和化学属性时的优劣，帮助读者更好地理解这些工具在生物分子研究中的应用。

python学习笔记：读取mol2文件

夏天的树人的专栏

10-24

7133

xyz 和mol2的文件在日常使用过程是十分常见。mol2的格式也十分独特，在实验的过程当中，需要对一些数据进行大量清洗方可以达到使用目标。例如单独对碳，氢进行加工使用，例如抽取一个苯环来做探索分子间的作用力的探索等等。这个过程就要一点点对mol2文件进行加工。 1.写法众多，思路倾向目的一致我查看了几种关于mol2解析的写法，有一些写法很高级，也有一些符合初级的写法。大概我举例，常见一种思路是采取遍历方式对整个文件进行遍历操作。这里就可以采用for in 或者while 循环去解析出来。还有

AutoDock分子对接教程小分子对接 AutoGrid和AutoDock并实现分子对接分子对接软件（亲测有效）

GHZ2443063059的博客

01-17

7125

AutoDock与Vina的区别如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 runautogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件AutoDock安装闪退Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接分子对接软件 CentOsUbuntu系统适用（详细讲解）

rdkit读取sdf、mol2 转换图片保存、sdf转smiles；PandasTools AddMoleculeColumnToFrame增加列图像展示及SaveXlsxFromFrame保存到表格

weixin_42357472的博客

10-14

4617

注意： 1、AddMoleculeColumnToFrame产生的格式 molCol='ROMol’不能为空 none不然保存会报错。参考：https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1。

Open Babel 分子格式转换工具

发呆的比目鱼的博客

01-25

4623

Open Babel 分子格式转换工具

Tripos Mol2 Format File，分子结构 mol2格式文件的详细介绍

02-24

MOL2 文件的核心优势在于其便携性和全面性——能够包含所有必要信息来重构分子结构，适用于多种化学软件环境。 #### 格式特点 MOL2 文件格式的设计遵循自由格式原则，避免了固定格式带来的限制，使得文件更加灵活...

sdf：Python中简单的SDF网格生成

02-16

自卫队使用简单的Python API基于SDF（带符号距离函数）生成3D网格。特别感谢提供的有关有符号距离函数的出色文档：例子这是一个生成示例的完整示例。这是规范的“示例。注意将运算符用于并集，交集和差。 from ...

Gazebo中地标文件夹

09-28

2. **模型导入**：将`.dae`文件放入Gazebo的模型库中，通常在`~/.gazebo/models/`目录下，或者在你的项目特定的模型文件夹里。 3. **编辑SDF文件**：为地标模型创建一个`.sdf`（Simulation Description Format）...

convert0.2_批量转化分子格式的小程序

05-28

Convert使用说明:可以批量转化各种格式的分子文件，像mol2,sdf,pdb等等。实现的了分子名称的对应转化的目标，如a.mol2转化成sdf格式后变成a.sdf,以此类推。实现了目录独立性，不要再去粘贴convert.exe的文件了。可以设置系统的环境变量

sdf2svg-开源

04-27

5. `sdf2svg`：这是核心转换函数或类库，包含所有处理mol和sdf文件，以及生成SVG图像的逻辑。在实际应用中，科研人员或教师可以利用sdf2svg将他们的化学研究成果以美观且清晰的方式呈现出来，无论是进行学术报告...

分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

热门推荐

BioInfoNotes

02-05

1万+

使用OpenBable将文件夹中的pdbqt文件批量转换成.mol2文件

woyaomaishu8的博客

11-26

4300

使用OpenBable将文件夹中的pdbqt文件批量转换成.mol2文件 babel *.pdbqt –omol2 –m

化学分子Mol2文件格式与使用注意事项

Blockbuster_drug

02-24

4166

Mol2格式文件是一个ASCII 文件，由Tripos公司编制的用于表示化学分子的文件格式，在其药物设计软件套装SYBYL中使用。Mol2格式文件被分子模拟的众多软件所支持，包括计算化学、分子对接，分子动力学软件，如Gaussian，VMD，UCSF DOCK，rDock，LeDock，MOE，Schrodinger，Openbabel，RDKit，Amber，Gromacs等。本文介绍了Mol2文件格式。

Mol2文件处理-拆分、合并、提取名称、计数与格式转换

Blockbuster_drug

03-06

2327

Mol2格式文件是常用的分子结构存储文件，可以在一个.Mol2文件中记录单个或多个分子的立体结构信息、电荷信息以及其他信息。本文介绍Mol2分子处理的常见操作，包括文件合并与拆分，分子名称修改，分子计数与变量传递等。

关于SDF介绍

hdpai2018的博客

10-27

7085

来源：“分子动力学”公众号链接：https://mp.weixin.qq.com/s/kMwnIbuiTE-LsXGYQonedQ 简单来讲，SDF文件就是一个化学表格文件。文件扩展名：.sd，.sdf。格式类型：化学文件格式 SDF是MDL开发的一系列化学数据文件格式之一；它专门用于结构信息。“ SDF”代表结构数据文件，而SDF文件实际上包装了molfile（MDL Molfile）格式。多个化合物由由四个美元符号（$$$$）组成的线分隔。SDF格式的一个功能是它包含关联数据的能力。关联的数据项表示

将含有protein和ligands 的mol2文件转化成sdf文件

weixin_44853528的博客

07-16

1565

import os import sys from rdkit import Chem def split_mol2(mol_path, out_path): with open (mol_path,'r') as f: lines = f.readlines() if not os.path.exists(out_path): os.makedirs(out_path) path_protein = os.path.

我是要打印成结构式存到D盘streptomedb文件夹下面。

07-17

你可以使用以下代码将sdf文件中的分子结构以图片形式保存到D盘streptomedb文件夹下： ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw def save_structure_images(filename, output_folder): suppl = Chem.SDMolSupplier(filename) for i, mol in enumerate(suppl): if mol is not None: output_file = f"{output_folder}/structure_{i+1}.png" Draw.MolToFile(mol, output_file) # 调用函数保存sdf文件中的分子结构图片 save_structure_images("your_file.sdf", "D:/streptomedb") ``` 请将代码中的`your_file.sdf`替换为你要处理的sdf文件的路径，`D:/streptomedb`为你希望保存图片的文件夹路径。该代码使用RDKit库读取sdf文件，并将每个分子的结构保存为以结构编号命名的png图片。注意确保D盘下的streptomedb文件夹存在。