生信技能60 - 根据外显子测序结果计算大于等于指定测序深度的区域覆盖率

生信与基因组学

已于 2024-10-20 11:42:05 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签：数据分析 bash python

于 2024-10-14 16:52:09 首次发布

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计算指定大于等于指定深度（X）的区域覆盖率

1. 运行示例

根据外显子测序结果, 计算指定大于等于指定深度（X）的区域覆盖率。

bamdst运行时需输入捕获的bed文件, 比对排序和标记重复的bam文件。

# bamst安装
# bamdst -p <probe.bed> -o ./ test.bam
git clone https://github.com/shiquan/bamdst
cd bamdst/
make

# 存在bamst结果时
python cal_region_coverage.py -i region.tsv.gz

# 不存在bamst结果时, 需输入bam文件路径
python cal_region_coverage.py -i region.tsv.gz -b sample.sorted.mk