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损失函数与优化器:从「梯度是怎么被造出来的」到「梯度是怎么被用掉的」 本文揭示损失函数与优化器本质一体:优化器仅依赖损失产生的梯度,而损失决定梯度的方向、尺度与噪声特性。错误的损失选择(如分类用MSE)会导致梯度失衡,使优化器失效;不同损失(如Huber、Focal)通过调控梯度分布影响优化过程。实测表明,归约方式、标签结构与损失配对直接决定梯度行为,进而影响收敛性与泛化。核心观点:选对损失,才是让优化器“看得懂”的前提。 阅读详情

在工业生物合成领域,对关键酶进行理性设计是提升目标产物合成效率的核心策略。传统定向进化方法存在工作量大、盲目性高等问题,而基于计算的虚拟筛选正逐步成为酶功能优化的重要突破口。

山东第一医科大学的研究团队在《Frontiers in Microbiology》上发表最新研究成果,利用MaXFlow平台的虚拟饱和突变技术,对纳他霉素生物合成途径中的关键酶——NadDsg(烟酸单核苷酸(NaMN)/烟酰胺单核苷酸(NMN))进行多位点组合改造,最终实现纳他霉素产量43.1% 的提升 [1]。

靶点选择

NadDsg在NAD(P)代谢中的限速作用

NadDsg是NAD(P)合成途径中的关键酶,其催化效率直接影响细胞内NAD(P)辅酶水平,进而调控纳他霉素的合成通量。野生型NadDsg对底物NMN的催化效率(Kcat/Km)仅为1.75 mM⁻¹s⁻¹,底物选择性(NMN/NaMN)为1.49,表明其底物识别能力有限,成为纳他霉素生物合成中的主要代谢瓶颈。

虚拟筛选

MaXFlow实现关键位点的系统性识别

研究团队采用MaXFlow虚拟饱和突变模块,针对NadDsg底物结合口袋中17个关键氨基酸残基进行系统性突变分析,共生成338个虚拟突变体。通过计算每个突变体与NMN的结合自由能变(ΔG),筛选出25个结合能力显著增强(ΔG < 0) 的候选突变体,大幅提升了筛选效率与针对性。
 

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图 NadDsg 突变旨在增强其对 NMN 的偏好性。(A、B) NadDsg 单点突变
 (A) 和组合突变
(B) 的吉布斯自由能变(ΔG)。

(C) 野生型(WT)NadDsg 及其 RYKK/N/R 突变体的静电势特征。基酸残基以蓝色棍状模型表示。

突变体构建

从单点优化到组合效应

1. 单点突变体筛选
在MaXFlow筛选出的高潜力突变中,位于保守结构域内的S168K突变效果最为显著,结合自由能变达–28.12 kcal/mol。其余包括S168R、G17R、H26K、S168N、D20Y等在内的多个单点突变也显示出良好的结合改善能力。

2. 组合突变体构建
为进一步提升酶学性能,研究团队将G17R、D20Y、H26K与S168位点的三种突变(S168R/S168K/S168N)进行组合,构建出RYKR、RYKK、RYKN三种组合突变体。其中,RYKK(G17R+D20Y+H26K+S168K) 表现出最优的催化特性与底物选择性,催化效率提升62.96倍,底物选择性提升55.23倍。

表:NadDsg突变体结合自由能与酶学参数汇总

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发酵验证

突变体性能转化为产量提升

在发酵水平上,表达NadDsg-RYKK的工程菌株在添加10 mg/L NMN的条件下,纳他霉素产量达到6.68 g/L,较野生型菌株(4.67 g/L)提升43.04%。该结果证实了MaXFlow虚拟筛选所得突变体的高效性与工程可行性。

总结与展望

该研究通过MaXFlow平台实现了对NadDsg酶的快速、精准设计与性能优化,显著强化了NAD(P)代谢能力,成功推动纳他霉素产量大幅提升。该策略不仅为纳他霉素的工业发酵提供了高效菌株构建方案,也为其他微生物次级代谢产物的酶工程改造提供了可复制的技术路径。随着酶计算设计工具的不断升级,数据驱动的理性设计将在合成生物学与工业生物技术中发挥愈加关键的作用。

[1] Meng Z, Yu M, Wang J, Li H, Gao W, Yang P, Cui X, Zhang P, Fu J, Cao G, Zong G. Abundant organic nitrogen enhances natamycin biosynthesis by increasing NAD(P) metabolic pathway activity in Streptomyces gilvosporeus F607. Front Microbiol. 2025 Oct 27;16:1684019.

【信息科学与工程学】信息科学领域---第二篇 材料工程15 材料参数09 E_a,cryst 越大,非晶态越稳定,数据保持力越好,但写入所需的能量也可能更高。分析材料电子结构的基本工具,可从中解读电学、光学、磁性等性质,并识别特定原子/轨道对费米能级附近态的贡献。用于判断模型是欠拟合(随样本增加,性能持续提升)还是过拟合(性能很快饱和),并评估收集更多数据的必要性。可判断晶格动力学稳定性(无虚频),计算声子态密度、热力学性质(如自由能、热容),并预测可能的结构相变。可以探测电子的集体激发(如等离激元)的色散关系 ω(q),是研究材料电子激发和等离激元物理的有力工具。 阅读详情

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B. Palm", title = "Prediction as a candidate for learning deep hierarchical models of data", year = "2012",}```Contact: rasmusbergpalm at gmail dot comDirectories included in the toolbox-----------------------------------`NN/` - A library for Feedforward Backpropagation Neural Networks`CNN/` - A library for Convolutional Neural Networks`DBN/` - A library for Deep Belief Networks`SAE/` - A library for Stacked Auto-Encoders`CAE/` - A library for Convolutional Auto-Encoders`util/` - Utility functions used by the libraries`data/` - Data used by the examples`tests/` - unit tests to verify toolbox is workingFor references on each library check REFS.mdSetup-----1. Download.2. addpath(genpath('DeepLearnToolbox'));Example: Deep Belief Network---------------------```matlabfunction test_example_DBNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit RBM and visualize its weightsrand('state',0)dbn.sizes = [100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);figure; visualize(dbn.rbm{1}.W'); % Visualize the RBM weights%% ex2 train a 100-100 hidden unit DBN and use its weights to initialize a NNrand('state',0)%train dbndbn.sizes = [100 100];opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;opts.momentum = 0;opts.alpha = 1;dbn = dbnsetup(dbn, train_x, opts);dbn = dbntrain(dbn, train_x, opts);%unfold dbn to nnnn = dbnunfoldtonn(dbn, 10);nn.activation_function = 'sigm';%train nnopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.10, 'Too big error');```Example: Stacked Auto-Encoders---------------------```matlabfunction test_example_SAEload mnist_uint8;train_x = double(train_x)/255;test_x = double(test_x)/255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);%% ex1 train a 100 hidden unit SDAE and use it to initialize a FFNN% Setup and train a stacked denoising autoencoder (SDAE)rand('state',0)sae = saesetup([784 100]);sae.ae{1}.activation_function = 'sigm';sae.ae{1}.learningRate = 1;sae.ae{1}.inputZeroMaskedFraction = 0.5;opts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;sae = saetrain(sae, train_x, opts);visualize(sae.ae{1}.W{1}(:,2:end)')% Use the SDAE to initialize a FFNNnn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm';nn.learningRate = 1;nn.W{1} = sae.ae{1}.W{1};% Train the FFNNopts.numepochs = 1;opts.batchsize = 100;nn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.16, 'Too big error');```Example: Convolutional Neural Nets---------------------```matlabfunction test_example_CNNload mnist_uint8;train_x = double(reshape(train_x',28,28,60000))/255;test_x = double(reshape(test_x',28,28,10000))/255;train_y = double(train_y');test_y = double(test_y');%% ex1 Train a 6c-2s-12c-2s Convolutional neural network %will run 1 epoch in about 200 second and get around 11% error. %With 100 epochs you'll get around 1.2% errorrand('state',0)cnn.layers = { struct('type', 'i') %input layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 6, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %sub sampling layer struct('type', 'c', 'outputmaps', 12, 'kernelsize', 5) %convolution layer struct('type', 's', 'scale', 2) %subsampling layer};cnn = cnnsetup(cnn, train_x, train_y);opts.alpha = 1;opts.batchsize = 50;opts.numepochs = 1;cnn = cnntrain(cnn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = cnntest(cnn, test_x, test_y);%plot mean squared errorfigure; plot(cnn.rL);assert(er<0.12, 'Too big error');```Example: Neural Networks---------------------```matlabfunction test_example_NNload mnist_uint8;train_x = double(train_x) / 255;test_x = double(test_x) / 255;train_y = double(train_y);test_y = double(test_y);% normalize[train_x, mu, sigma] = zscore(train_x);test_x = normalize(test_x, mu, sigma);%% ex1 vanilla neural netrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samples[nn, L] = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.08, 'Too big error');%% ex2 neural net with L2 weight decayrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.weightPenaltyL2 = 1e-4; % L2 weight decayopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex3 neural net with dropoutrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.dropoutFraction = 0.5; % Dropout fraction opts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex4 neural net with sigmoid activation functionrand('state',0)nn = nnsetup([784 100 10]);nn.activation_function = 'sigm'; % Sigmoid activation functionnn.learningRate = 1; % Sigm require a lower learning rateopts.numepochs = 1; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 100; % Take a mean gradient step over this many samplesnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex5 plotting functionalityrand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]);opts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through datann.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, train_x, train_y, opts);[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');%% ex6 neural net with sigmoid activation and plotting of validation and training error% split training data into training and validation datavx = train_x(1:10000,:);tx = train_x(10001:end,:);vy = train_y(1:10000,:);ty = train_y(10001:end,:);rand('state',0)nn = nnsetup([784 20 10]); nn.output = 'softmax'; % use softmax outputopts.numepochs = 5; % Number of full sweeps through dataopts.batchsize = 1000; % Take a mean gradient step over this many samplesopts.plot = 1; % enable plottingnn = nntrain(nn, tx, ty, opts, vx, vy); % nntrain takes validation set as last two arguments (optionally)[er, bad] = nntest(nn, test_x, test_y);assert(er < 0.1, 'Too big error');```[![Bitdeli Badge](https://d2weczhvl823v0.cloudfront.net/rasmusbergpalm/deeplearntoolbox/trend.png)](https://bitdeli.com/free "Bitdeli Badge")

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