【DoRothEA】inferring TF-target activity using mRNA expression

最新推荐文章于 2025-10-02 09:46:30 发布

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DoRothEA是一个基于mRNA表达数据推断转录因子活性的数据库，包含从A到E的信心等级。该工具支持bulk和单细胞分析，采用VIPER统计方法。数据处理遵循Seurat教程，输入可以为Seurat对象、dataframe或矩阵，结果存储在Seurat对象的assay data dorothea中。

DoRothEA实质上是tf-target gene的数据库，证据来源有实验文献、推测等，A (highest confidence) to E (lowest confidence) 。Regulon的概念是，某个TF调控的genes的集合。DoRothEA通常用VIPER这种统计方法.

DoRothEA既可以用于bulk也可以用于单细胞。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("dorothea")

## We load the required packages
library(dorothea)
library(dplyr)
library(Seurat)
library(tibble)
library(pheatmap)
library(tidyr)
library(viper)

数据读入、质控、降维聚类注释完全按照seurat官方教程来。

输入格式可以是seurat object，dataframe, matrix。如果输入的是seurat object，结果将储存在assay data dorothea里。

clustering cells with TF activity

## We read Dorothea Regulons for Human:
dorothea_regulon_human <- get(data("dorothea_hs", package = "dorothea"))

## We obtain the regulons based on interactions with confidence level A, B and C
regulon <- dorothea_regulon_human %>%
    dplyr::filter(confiden