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原创 CARNIVAL包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的R包资料整理)
CARNIVAL包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的R包资料整理,感谢Jimmy老师!)1. 介绍1.1 CARNIVAL的目的和应用1.2 CARNIVAL的两个途径1.3 CARNIVAL的输入和输出2. 运行2.1 示例、函数和数据说明2.2 CARNIVAL标准示例2.3 CARNIVAL inverted示例2.3 带有 generateLPFileCarnival 和 runCarnivalFromLp 的 CARNIVAL 标准示例亮点:网络推理——来自表达和先验知识的因果推理基因
2022-04-10 20:47:57
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原创 pbcmc包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理)
pbcmc包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!)pbcmc: Permutation-Based Confidence for Molecular ClassificationBioconductor link: https://bioconductor.riken.jp/packages/3.3/bioc/html/pbcmc.html亮点:几种生物信息学工具可用于从基因表达谱中推断患者亚型,包括经过充分研究的PAM50。 这些工具中使用的特定算
2022-04-03 21:52:24
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原创 AIMS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理)
AIMS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理,感谢Jimmy老师!)1.在 McGill数据集上分配 AIMS 亚型2.仅给一个样本分配亚型3.在 vdx 数据集上分配 AIMS 亚型期刊: Journal of the National Cancer Institute论文:https://doi.org/10.1093/jnci/dju357Bioconductor link: https://www.bioconductor.org/packages/releas
2022-03-27 21:32:51
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原创 ProTICS包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理)
ProTICS包的介绍1、设置环境2、Part1的结果3、Part2的结果4、Part3的结果5、相关函数亮点:尽管对选定组织学亚型中肿瘤浸润淋巴细胞的预后相关性进行了大量研究,但很少有研究系统地报道了免疫细胞在分子亚型中的预后影响,如机器学习方法对多组学数据集的量化。本文描述了一种新的计算框架ProTICS,以量化肿瘤微环境中免疫细胞比例的差异,并估计它们在不同亚型中的预后效应。期刊: Briefings in Bioinformatics论文:ProTICS reveals prognostic
2022-03-20 22:22:04
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原创 CancerSubtypes包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理)
CancerSubtypes包的介绍期刊: Bioinformatics论文:CancerSubtypes: an R/Bioconductor package for molecular cancer subtype identification, validation and visualizationGithub link: https://github.com/taoshengxu/CancerSubtypes/blob/master/inst/doc/CancerSubtypes-vigne
2022-03-13 21:24:49
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原创 DeClust包的介绍(根据生信技能树Jimmy老师分享的乳腺癌分子分型包资料整理)
这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题,有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能,丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好! 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar
2022-03-06 21:42:49
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空空如也
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