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RSS订阅原创 New Phytologist（IF=8.1） ▏DAP-seq助力揭示杂交枫香再生调控新机制
qRT-PCR与LC-MS/MS结果显示，在SE途径中，LsfBZR2过表达抑制LsfWAG2表达，导致IAA积累，促进愈伤增殖；，揭示了BZR2-GRF5转录调控模块通过组织特异性调控生长素外排基因LsfWAG2，介导油菜素内酯（BR）与生长素（IAA）信号互作，双向调控体细胞胚胎发生（SE）与器官再生的分子机制，为木本植物再生机制研究与遗传改良提供了全新视角。表达，在SE中维持高生长素环境促进愈伤增殖，在器官发生中降低生长素水平以加速芽再生，形成组织特异性的双向调控机制。促进杂交枫香的芽再生。
2025-08-21 17:43:14
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原创 Linux常用命令大全：高效操作指南
本文系统整理六大核心场景的常用命令（文本处理、权限管理、压缩解压、文件查看、集群空间、管道符），附详细示例，助你彻底摆脱"边查边用"的困境！1.1 搜索包含"error"的行（区分大小写）2.1 替换文件中所有"old"为"new"2.2 查看目录下文件权限，修改日期等详细信息。3.1 提取日志中第1列（默认空格分隔）2.2 复制保留文件属性（权限/时间戳）1.1 查看文件尾部（实时追踪日志）3.3 自定义分隔符（CSV文件）1.3 查看大文件（支持搜索跳转）场景：数据清洗、配置修改、文件重命名等。
2025-08-18 09:49:59
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原创 KEGG 通路图看不懂？手把手带你从入门到通透
在基因介绍的部分，涉及的信息主要包括：（1）基因信息（Entry, Name, Definition）（2）Pathway，该基因参与了哪些通路（3）Disease，该基因涉及哪些疾病（4）Brite，该基因涉及的通路的分级关系，即展示A级通路-B级通路-C级通路-基因的分层级关系信息）（5）genes，该基因的各个物种中的同源基因。（6）该基因的参考文献的信息。2. 其次生物体内信号通路交叉调控，形成了复杂的网络，因此KEGG中的通路图，大多也是几个通路胶合在一起的，再看通路图时，我们需要化繁为简。
2025-08-18 09:32:35
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原创 Plant Biotechnol J（IF=10.5）|DAP-seq助力揭示葡萄白粉病抗性机制
通过Y2H验证、双分子荧光互补（BiFC）、分裂荧光素酶互补（Split-LUC）、Pull-down及荧光共振能量转移（FRET-AB）等试验，证实VqWRKY46与VqNF-YC9存在直接互作。接种葡萄白粉菌9 d后，与野生型（WT）相比，过表达植株表现出分生孢子数量减少、菌丝长度缩短，同时伴随胼胝质积累增加、过氧化氢含量升高及HR反应增强等现象，以及防御相关基因的表达水平显著上调；的上游调控机制，该研究通过酵母单杂交（Y1H）文库筛选，鉴定到转录因子VqLIMYB。的表达，进而介导葡萄白粉病抗性。
2025-08-07 13:32:13
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原创 【收藏】ATAC-seq技术原理及在植物器官发育中的应用
本研究旨在探究玉米叶片BBCH_11、BBCH_13、BBCH_17三个发育阶段中染色质可及性的动态变化及其对全基因组基因表达的影响，通过ATAC-seq（检测染色质可及性）和RNA-seq（分析基因表达）的整合分析，发现三个阶段分别鉴定出46,808、38,242、41,084个可及染色质区域（ACRs），且ACR的数量和强度显著影响基因表达水平；染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。
2025-08-01 11:51:16
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原创 RAP-seq技术——无需特异性抗体，高效解析RNA-蛋白互作调控网络
在细胞的生命活动中，RNA结合蛋白（RBP）与RNA的互作如同精密的“分子开关”，调控着mRNA的稳定性、翻译效率及亚细胞定位等关键过程。无论是植物应对盐碱干旱的逆境适应，还是人类疾病中的基因表达异常，这些生命现象的调控机制均与RBP与RNA的动态互作密切相关。亲和纯化测序（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq） 是蓝景科信自主研发的创新技术，通过体外重组蛋白表达-RNA亲和捕获-高通量测序的全流程设计，实现了RBP结合RNA的高效鉴定。
2025-07-28 15:01:22
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原创 Int J Biol Macromol | DAP-seq助力揭示水稻抗病新机制
当OsJAZs被降解后，OsMYC2进入细胞核，与OsMYC3联手启动抗氧化酶、金属转运蛋白等基因的表达，增强水稻对病菌的抵抗能力。该研究突破了传统对JA信号调控的认知，构建了“OsBBI1→降解JA抑制因子→释放OsMYC2→激活防御基因”的完整调控链，证实E3泛素连接酶可通过“降解抑制因子”的方式快速激活免疫，为作物抗病机制研究提供了新思路。这些结果表明，OsMYC2和OsMYC3通过促进病原体诱导的防御基因表达和活性氧（ROS）积累，正向调控水稻对稻瘟病菌的免疫反应。对水稻稻瘟病抗性起正向调控作用。
2025-07-16 14:59:36
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原创 DAP-seq技术服务常见问题解答：从样本准备到数据分析
如果您已有转基因材料，且有ChIP级别抗体的话，ChIP实验还是值得尝试的，毕竟能够拿到体内结果，若难以满足上述条件，且时间、经费有限，建议您优先考虑DAP-seq实验。参考基因组建议优先选择您日常分析中常用的版本，如果后续需要将DAP-seq数据与其他实验数据（如RNA-seq、ATAC-seq等）进行联合分析，请务必保证所有数据使用相同版本的参考基因组，这样才能确保分析结果的准确性和一致性。，即可揭示转录因子与DNA的互作网络，如今已成为植物学、微生物学等领域解析基因表达调控网络的关键技术手段。
2025-07-16 14:52:06
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原创 国自然热门领域解析：一文读懂组蛋白修饰的奥秘
例如，组蛋白H3在丝氨酸10和28上的磷酸化，以及组蛋白H2A在T120上的磷酸化，参与有丝分裂过程中染色质的致密化，调节染色质结构和功能，是细胞周期和生长的重要标志；组蛋白修饰是表观遗传调控的核心机制之一，通过共价修饰（如甲基化、乙酰化等）改变染色质结构，从而精确调控基因表达，决定细胞的功能和发展方向。相较于传统ChIP技术，它们在实验操作上更为简便，大幅降低了样本需求量，并且在数据质量上有显著提升，能够更高效、灵敏地检测组蛋白修饰，为组蛋白修饰研究提供了新的高效手段，进一步推动了该领域的研究进展。
2025-07-16 14:39:09
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原创 【科研必备】系统发育分析——MEGA保姆级使用教程
此外，系统发育树使用了来自多个物种的同系物进行树木分析，结果（图1A）表明MsMYB35与MtMYB35、PsMYB35、TrMYB35和GmMYB35 密切相关，形成一个具有高bootstrap值的强进化枝 （100），表明具有相当大的进化相似性。首先，需要准备用于分析的序列数据，可以是 DNA、RNA 或蛋白质序列。（2）这里以ClustalW为例，上方点击Align by ClustalW后，出现如下的参数选择页面，一般情况下全部使用默认参数即可，点击右下角的OK选项进行比对。
2025-07-11 14:11:05
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原创 [应用指南] Ribo-seq在神经科学方向的研究思路
Ribo-seq能够通过高通量测序解析RPFs的位置和序列，可精确定位活细胞中正在翻译的核糖体在RNA上的具体位置，并可帮助研究人员推断起始密码子、识别上游开放阅读框（uORFs）、解析密码子翻译动态等信息。
2025-07-11 13:56:33
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原创 ChIP-seq还是ChIP-qPCR？如何选择？
然后，利用特异性抗体与目标蛋白质结合，经过免疫沉淀步骤，将与目标蛋白结合的DNA-蛋白质复合物富集下来。不同之处在于，ChIP-qPCR后续利用实时荧光定量PCR技术，针对感兴趣的特定DNA区域设计引物，在PCR反应过程中，通过荧光信号的变化实时监测DNA的扩增情况，根据标准曲线计算出目标DNA区域的相对含量，以此反映蛋白质在该位点的结合水平。先在活细胞中固定蛋白质-DNA复合物，超声或酶切染色质成小片段，用特异性抗体富集目的蛋白结合的DNA，构建文库后高通量测序并分析，从而获取全基因组的结合位点信息。
2025-07-07 11:25:11
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原创 Plant Cell Environ |DAP-seq助力揭示多年生黑麦草转录因子LpNAC22增强耐旱性的分子机制
表达后，其在拟南芥和多年生黑麦草中过表达均能提高植株存活率、相对含水量和叶绿素含量，降低丙二醛含量、离子渗漏和活性氧积累，减轻细胞损伤，增强耐旱性。但干旱处理后，突变株系存活分蘖率、株高、干重、相对含水量和叶绿素含量均低于野生型，离子渗漏率、丙二醛含量及活性氧积累则高于野生型，表明。结果显示，干旱条件下野生型多数萎蔫，而过表达株系存活率更高，离子渗漏率和MDA含量更低。的表达来增强植物的耐旱性，为多年生黑麦草的耐旱分子育种提供了重要的基因资源和理论依据。的过表达可缓解干旱条件下植物细胞膜的损伤。
2025-07-07 11:20:08
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原创 [收藏] DAP-seq技术从原理到应用的实战攻略
香米因其独特的香味而受到全球的青睐，尽管2-乙酰-1-吡咯啉（2-AP）是水稻香气的主要成分，但除2-AP外水稻香气的代谢基础及香气代谢物积累的遗传机制（除OsBADH2和OsODC外）尚未明确，解析水稻香气的分子调控机制对香稻品种培育具有重要意义。已知GLK是叶绿体发育的主调控因子，但GLK突变体仍有残留叶绿素，DAP-Seq首次证明MYB相关因子通过直接调控光合系统组装和碳代谢基因，弥补了GLK缺失的功能，揭示了叶绿体发育的双重调控机制。）启动子的NACRS元件，负调控FAVs合成。
2025-07-07 11:12:38
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原创 蛋白互作研究全攻略：常用方法+避坑指南
酵母双杂交（Y2H）、免疫共沉淀（Co-IP）、蛋白Pull-down 、双分子荧光互补（BiFC）、荧光素酶互补（LCI）、表面等离子共振（SPR）助力蛋白互作研究。
2025-06-30 11:13:17
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原创 Plant Physiol | DAP-seq和RNA-seq联合助力揭示黄瓜皮色调控新机制
通过基因-转录-表型多个维度的数据挖掘，为果实品质基因编辑提供理论依据。本文将深度解读这一创新成果，解析DAP-seq和RNA-seq技术在植物发育研究中的应用价值。
2025-06-23 10:45:56
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原创 【技术干货】表观转录组之m6A甲基化修饰（一）
m6A甲基化修饰即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子（N6位）上的甲基化修饰。m6A甲基化修饰是真核生物mRNA最普遍的内部修饰之一，约占到mRNA甲基化修饰的80%。m6A在调控基因表达（如调节mRNA可变剪切、稳定性、降解速率及翻译效率等）中起着重要作用。
2025-06-16 11:40:43
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原创 Plant Journal | DAP-seq助力揭示紫花苜蓿MsMYB35调控花药发育的分子机制
喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Journal，本研究借助DAP-seq技术揭示了紫花苜蓿花药发育的调控机制，展示了DAP-seq技术在植物生长发育研究方面的关键作用。
2025-06-16 11:30:46
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原创 【科研干货】蛋白与DNA互作验证全攻略：常用方法+避坑指南
酵母单杂交系统（Yeast one-hybrid, Y1H）是解析细胞内DNA-蛋白质相互作用的经典分子生物学工具。其核心原理基于真核生物转录激活子的结构特征，这类转录激活子通常包含 独立发挥功能的DNA结合结构域（DNA Binding Domain,BD）和转录激活结构域（Transcription Activation Domain, AD）。构建酵母单杂交体系时，将含有特定顺式作用元件的“诱饵”DNA序列整合进酵母基因组，使其与报告基因相连。
2025-06-16 11:02:04
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原创 Plant Physiol | DAP-seq助力揭示番茄果实成熟调控新机制
喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Physiology，本研究借助DAP-seq技术揭示了番茄果实成熟调控新机制，展示了DAP-seq技术在植物生长发育研究方面的关键作用。
2025-06-10 16:22:49
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原创 J. Adv. Res. | DAP-seq助力解析大麦HvbZIP87基因让小麦抗病又高产的新机制
喜报！DAP-seq项目文章发表Journal of Advanced Research，本研究借助DAP-seq技术揭示了小麦防御反应的分子机制，展示了DAP-seq技术在作物抗病遗传改良研究方面的独特优势。
2025-06-03 10:51:41
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原创 Plant Physiol | DAP-seq助力揭示杨树根系抗旱新机制
喜报！DAP-seq项目文章发表Plant Physiol，本研究借助DAP-seq技术揭示了杨树通过“分子开关”PuZFP1协调侧根抑制与不定根伸长的抗旱策略，本文将深度解读这一创新成果，展示DAP-seq在植物逆境研究中的关键作用。
2025-05-26 10:21:48
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原创 探秘表观遗传研究：DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq，谁才是你的科研“神器”？
DAP-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、ATAC-seq四种技术在表观遗传研究中各展所长，其原理、特点与适用场景各异，我们需要结合具体研究需求和条件，才能做出合适的选择。欢迎感兴趣的同学前来咨询！
2025-05-19 10:26:22
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原创 Mol Hortic | DAP-seq助力揭示软枣猕猴桃果实变色机制
随后对不同颜色的软枣猕猴桃品种进行RNA-seq分析，并结合亚细胞定位结果，筛选出花青素调控相关的候选转录因子AaBEE1。经红色软枣猕猴桃果实中瞬时过表达，以及在拟南芥、番茄和烟草中稳定遗传转化实验验证，AaBEE1能够抑制花青素的生物合成和积累。进一步通过DAP-seq分析，发现AaBEE1在全基因组范围内存在457个结合峰，这些峰分布在29条染色体上，多数位于转录起始位点（TSS）上游2kb的启动子区域。软枣猕猴桃近年来备受青睐，它果实小巧，皮薄多汁，富含花青素，口感清甜，深受消费者喜爱。
2025-05-19 10:20:11
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原创 文章分享|ChIP-seq：如何解开拟南芥复制应激谜团？
SOG1靶基因可分为三组，分别主要受SOG1调控、受SOG1和E2FB拮抗调控、受E2FA和E2FB冗余激活且部分依赖SOG1，表明E2Fs和SOG1对DDR基因存在复杂的调控关系。同时有345个基因上调，其中145个是E2FA或E2FB结合的基因，且这些上调基因中43个是SOG1的靶基因，这进一步证实了。突变对生长影响不明显。综上所述，本研究揭示了一个复杂的转录网络，该网络在植物应对复制应激反应中发挥着关键调控作用，其中E2Fs和SOG1作为核心调节因子，共同维持植物基因组的稳定性和细胞周期的正常运行。
2025-05-12 15:12:47
899
原创 一文速览 CUT&Tag 技术！
在表观遗传学的研究领域中，蛋白质与 DNA 的相互作用一直是探索基因表达调控奥秘的关键所在。而 CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）技术，即靶向切割与转座酶技术，作为一种高效的研究手段，正逐渐成为众多科研人员的得力助手。与ChIP-seq相比，在相同Reads条件下，两者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。通过研究疾病相关蛋白质与 DNA 相互作用的异常变化，揭示疾病发生发展的分子机制，为疾病诊断和治疗提供新的靶点和思路。
2025-05-12 15:04:31
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原创 三大技术如何联手揭开PAC1肿瘤免疫的神秘面纱？
综上所述，PAC1通过招募NuRD复合物重塑效应T细胞的表观遗传程序，抑制T细胞的细胞毒性功能。在炎症条件下，激活的T细胞通过ROS - EGR1信号通路表达高水平的PAC1，导致T细胞耗竭和宿主抗肿瘤免疫减弱。为了评估PAC1在T细胞激活中的作用，在Jurkat T细胞系中过表达不同类型的PAC1以及利用。敲除的小鼠，发现敲除的小鼠体重恢复快、病毒载量低，CD8+T细胞数量和功能更好，抑制性受体表达低。基因敲除小鼠进行实验，结果表明，PAC1以不依赖磷酸酶的方式抑制T细胞的增殖和效应功能。
2025-05-12 14:59:05
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原创 染色质开放性测序（ATAC-seq）
染色质开放性测序（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing，ATAC-seq），一种用于检测染色质开放性的高通量测序技术，通过Tn5转座酶切割并标记开放的染色质区域，从而揭示基因组中调控元件（如增强子、启动子）的位置和活性。在真核生物中，DNA并不是裸露存在的，而是与组蛋白等结合形成染色质。染色质的结构状态会影响基因的表达，那些处于开放状态的染色质区域，更容易与转录因子等蛋白结合，进而启动基因的转录过程。
2025-04-29 17:24:39
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原创 文章分享《Nature Communications》|ATAC-seq开启新视角：探索Shox2基因沙漠的神秘功能
基因沙漠是关键的顺式调控区域，编码一系列组织特异性增强子，协调调控Stylopod 形成、颅面模式形成和心脏起搏器依赖的胚胎发育进程。3.研究人员进一步构建了基因沙漠缺失的小鼠模型，通过整体原位杂交（ISH）、qPCR、免疫荧光（IF）、骨骼染色和μCT技术检测基因表达以及肢体骨骼发育的情况。约四分之一的人类基因组由基因沙漠组成，这些区域没有基因，但却常常位于发育基因附近，暗示着它们可能参与基因调控。表达的关键元件，也为解析基因沙漠在心脏发育中的调控机制提供了关键线索，推动了对基因调控网络复杂性的认知。
2025-04-29 17:06:42
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原创 ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）
将染色质免疫共沉淀和高通量测序相结合，通过目的蛋白的特异性抗体，将目的蛋白-DNA复合物沉淀下来，从而获取该目的蛋白结合的DNA。利用该技术不仅可以检测转录因子在全基因组上的结合位点，还可以研究各种组蛋白修饰在全基因组上的分布情况。鉴定肿瘤特异性表观遗传标记（如SETD2突变导致的H3K36me3缺失），发现潜在治疗靶点。追踪胚胎发育过程中组蛋白修饰的动态变化，揭示细胞命运决定的表观遗传机制。探索神经元活动依赖的表观遗传调控，如学习记忆相关基因的染色质重塑。用于研究蛋白质与DNA的相互作用的技术。
2025-04-27 14:34:12
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原创 《Nature》|揭秘TH17细胞分化“开关”：ChIP-seq 技术破解基因调控密码
干扰SKI表达可使野生型T细胞在无TGFβ时分化为TH17细胞，证明了SKI是TH17分化的负调控因子。体内致病性结果显示，过表达SKI的T细胞在EAE模型中分化为TH17细胞的能力显著受损，而SKI缺陷细胞分化增强，表明SKI-SMAD4 轴在体内调控TH17细胞的致病性分化。本研究通过基因敲除、分子互作、表观遗传及体内外功能实验，系统性阐明了TGFβ-SKI-SMAD4-RORγt通路在TH17细胞分化中的关键机制，为靶向SKI-SMAD4轴治疗TH17相关疾病（如自身免疫病）提供理论依据。
2025-04-27 14:31:23
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原创 客户文章|DAP-seq技术助力揭秘VaEIN3.1-VaERF057-VaFBA1模块调控葡萄耐冷性的糖代谢机制
本研究通过整合DAP-seq和RNA-seq多组学数据，首次解析了葡萄低温胁迫响应中乙烯信号转导与糖代谢通路的协同调控网络。研究鉴定出关键调控因子VaERF057和代谢酶VaFBA1作为协同抗冷的核心元件，揭示了其通过动态调控可溶性糖积累增强细胞渗透保护的分子机制。创新性地提出了基于多基因模块的设计育种新策略，突破传统单基因改良的局限性。该成果不仅为葡萄抗逆分子育种提供了理论依据和基因资源，更为重要的是建立了跨物种适用的抗冷机制研究范式，为其他作物的耐冷性遗传改良提供了可借鉴的研究思路。
2025-04-27 11:39:30
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原创 DAP-seq技术助力揭示拟南芥根基本组织发育的调控机制
随后为进一步研究了这些RLKs的转录水平是否受SHR和SCR的直接调控，作者使用了Chip-seq和DAP-seq技术检测这些转录因子和DNA序列之间的相互作用，结果发现这些RLKs的启动子和两种转录因子之间不存在相互作用。综上所述，该研究明确了ARH1、FEI1和FEI2三个受体激酶在整合SHR-SCR信号通路和GA信号来调控根基本组织模式中的关键作用，揭示了根基本组织发育的分子调控机制。”的研究论文，该研究揭示了受体激酶ARH1、FEI1和FEI2共同调控根基本组织发育的分子机制，并。
2025-04-21 11:24:59
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原创 客户文章（Plant Com) ▏DAP-seq助力揭示甘蓝型油菜早花的遗传机制
突破性发现！油菜BnaC3.LFY基因内含子变异调控开花时间，助力精准育种。DAP-seq和RNA-seq联合分析双剑合璧，结合SV-GWAS结果，从多个维度进行深度的数据挖掘，更全面、更深入地理解生命活动的奥秘。
2025-04-14 15:28:11
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原创 多聚核糖体分析（Polysome Profiling）
多聚核糖体分析（Polysome profiling）是研究翻译调控机制常用的技术。Polysome profiling通过蔗糖密度梯度超速离心分离free mRNA、40S和60S核糖体亚基、单核糖体和多聚核糖体，收集含有多聚核糖体的部分用于RNA或蛋白质分析。
2025-04-14 13:46:56
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原创 RNA免疫共沉淀测序（RIP-seq）
RNA免疫共沉淀测序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是一种将RNA免疫共沉淀（RIP）与二代测序技术（NGS）相结合，用于研究细胞内RNA与蛋白相互作用的技术。
2025-04-14 13:43:11
432
原创 Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
Ribo-seq——检测正在翻译的RNA信息，连接转录组学与蛋白质组学的桥梁
2025-04-10 13:42:42
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原创 RBP研究技术RIP-seq+Polysome profiling
RNA结合蛋白（RBP）在转录后调控中起关键作用，影响RNA的稳定性、定位、翻译和降解。RIP-seq（RNA免疫共沉淀测序）和Polysome Profiling（多核糖体分析）联合使用，可全面研究RBP与RNA的相互作用及其对翻译的影响。
2025-04-07 12:03:14
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原创 m6A MeRIP-seq联合Ribo-seq的研究思路
m6A（N6-甲基腺苷）是常见的RNA修饰，影响mRNA的稳定性、翻译和降解。m6A MeRIP-seq用于全基因组水平检测m6A修饰，而ribo-seq则用于研究翻译过程。联合这两种技术可以揭示m6A修饰对翻译的调控机制。
2025-04-03 11:16:14
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