百趣代谢组学文献分享：三组学整合分析在中医药研究中的应用

组学研究中经常会涉及到转录组-代谢组、代谢组-蛋白组等两个组学之间的关联分析，但小伙伴们有碰到过代谢组、转录组、蛋白组3个组学的整合研究吗？百趣生物小趣和大家分享一篇代谢组、转录组和蛋白组3组学整合分析的文献。

文章题目为：System biology analysis of long term effect and mechanism of Bufei Yishen on COPD revealed by system pharmacology and 3-omics profiling。该文2016年发表在Scientific Reports上，是关于中药药理方面的研究。

1前言

慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种具有气流阻塞特征的慢性支气管炎和（或）肺气肿，可进一步发展为肺心病和呼吸衰竭的常见慢性疾病。与有害气体及有害颗粒的异常炎症反应有关，致残率和病死率很高，全球40岁以上发病率已高达9%～10%。

补肺益肾方（BYF）是一种由12种中草药组成的中药配方，临床上已被证实对COPD具有较好的治疗效果。然而，目前BYF对COPD的长期影响和治疗机制仍不清楚。

百趣代谢组学文献分享，本研究通过转录组学 - 蛋白质组学 - 代谢组学的整合分析，并结合系统药理学分析了BYF的长期治疗效果和潜在机制，发现BYF可能通过从系统层面调节脂质代谢、氧化应激、细胞连接和炎症反应途径对COPD发挥长期治疗作用。

2研究方法

样本收集：

第0~8周建立COPD大鼠模型，第9周~20周每天给药治疗1次，第32周处死大鼠，取肺组织用于后续检测。

检测方法：

转录组：Microarray（大鼠全基因组表达谱芯片）

蛋白组：LC-MS

代谢组：LC-MS

数据分析：

Agilent GeneSpring GX sofware 11.0

SIMCA-P：PLS-DA

BINGO（Cytoscape v3.1.1插件）、ClueGO（Cytoscape插件）：分子功能注释

MetaboAnalyst 3.0：Pathway analysis

SPSS 19.0：ANOVA

3结果与讨论

呼吸系统检测：

百趣代谢组学文献分享，首先，在第0~32周，每4周测一次呼吸数据：潮气量（TV）、呼气峰值流量（PEF）和50％潮气量呼气流量（EF50），进而评估肺功能。结果显示：与对照组大鼠相比，模型组大鼠从第4周到第32周，潮气量（TV）、呼气流量峰值（PEF）和50％潮气量呼气流量（EF50）明显降低，但BYF会明显减少这种降低水平，如图1 所示。