【文献速递】ChIP-seq如何解析转录因子调控机制，典型应用案例解析（一）

在生理状态下，肺泡II型（AT2）细胞通过激活自我修复程序，促进增殖并分化为肺泡I型（AT1）细胞以维持上皮稳态。然而，特发性肺纤维化（IPF）患者的AT2细胞呈现加速衰老特征，导致肺泡修复障碍并加剧肺损伤及纤维化进程。2024年7月，哈尔滨医科大学梁海海团队联合上海工程技术大学单宏丽教授、同济大学附属上海肺科医院李志新博士在Experimental & Molecular Medicine（IF=12.9）发表的重要研究揭示了YAP1的关键作用：尽管YAP1已知对细胞生长和器官发育至关重要，但其在肺纤维化中的机制此前尚不明确。该团队通过实验证明，YAP1/TEAD1复合物通过转录激活过氧化物还原酶3（Prdx3）的表达，显著改善线粒体功能障碍，从而抑制AT2细胞衰老并缓解纤维化。这一发现不仅阐明了"YAP1/TEAD1-Prdx3"轴调控AT2细胞衰老的新机制，更为肺纤维化治疗提供了潜在靶点策略。

一、研究思路

二、关键结果展示

01 YAP1在肺纤维化中的表达变化

作者首先通过整合单细胞测序数据和实验验证，系统揭示了YAP1在肺纤维化中的差异化表达模式。生物信息学分析显示，IPF患者的AT1和AT2细胞中YAP1表达显著下调，而肺成纤维细胞中YAP1表达却明显上调（图1a，b）。接着作者构建了博莱霉素（BLM）诱导的小鼠肺纤维化模型。免疫荧光染色结果显示，BLM处理组小鼠肺组织中AT2细胞标志物Sftpc与YAP1的共定位信号显著减弱（图1c），而肺成纤维细胞标志物S100A4与YAP1的共定位信号增强（图1d），这一发现与单细胞测序结果相互印证。进一步的分子水平检测表明，BLM处理的MLE-12细胞中YAP1的蛋白表达（图1e）和mRNA水平（图1f）均显著降低。这些结果共同表明，