15、大型生物医学本体对齐可视化与间接关联生物医学概念发现

大型生物医学本体对齐可视化与间接关联生物医学概念发现

在生物医学领域，知识的可视化和概念关系的挖掘是非常重要的研究方向。本文将介绍两个相关的研究内容，一个是关于大型生物医学本体对齐的可视化工具 AgreementMakerLight，另一个是利用间接知识发现生物医学概念之间隐藏关系的方法。

1. AgreementMakerLight 简介

AgreementMakerLight（AML）是基于 AgreementMaker 系统的轻量级本体匹配框架，经过优化可处理更大规模的本体匹配任务。其具有以下特点：
- 灵活性与可扩展性 ：AML 的本体匹配模块设计时考虑了灵活性和可扩展性，几乎可以集成任何匹配算法。
- 背景知识的应用 ：使用背景知识源来改善生物医学本体的对齐，在 2013 年的 OAEI 多个赛道中取得了优异成绩。

1.1 图形用户界面

AML 的图形用户界面分为两个区域：
- 资源面板 ：显示本体和对齐的相关信息，如类的数量、属性、映射以及与参考对齐的性能指标。
- 映射查看器 ：用于本体和映射的图形可视化。

用户可以通过以下步骤进行操作：
1. 加载 OWL 或 RDFS 格式的本体。
2. 选择加载预计算的对齐（RDF 或制表符分隔的文本文件）或进行本体匹配。
3. 从三个预定义的匹配器中选择：
- 简单词汇匹配器 ：基于名称和同义词的字符串匹配，高效且精