14、生物医学本体进化趋势发现与对齐可视化工具

生物医学本体进化趋势发现与对齐可视化工具

1. REX 工具介绍

REX 是一个用于发现生命科学本体区域进化趋势的工具，它基于三层架构，为用户提供了交互式访问本体进化信息的途径。

1.1 REX 架构

REX 的架构分为后端、服务器层和前端：
- 后端 ：由 OnEX 存储库组成，目前可访问 16 种流行生命科学本体的多达 1000 个版本，支持导入 OWL 和 OBO 等不同格式的本体。
- 服务器层 ：用 Java 实现，提供访问 OnEX 中本体版本的服务，还能计算区域度量、进行趋势和定量分析。每个服务封装在独立模块中，可独立更改区域发现算法。结果会进行转换，以便应用程序在图中可视化本体和变化区域。基于现有服务，还可创建如 Web 服务等进一步的接口。
- 前端 ：是一个基于 Google Web Toolkit（GWT）和图库 InfoVis 的平台独立 Web 应用程序。

下面是 REX 架构的 mermaid 流程图：

graph LR
    classDef process fill:#E5F6FF,stroke:#73A6FF,stroke-width:2px;

    A(后端 - OnEX 存储库):::process --> B(服务器层 - Java 服务):::process
    B --> C(前端 - Web 应用程序):::process
    B --> D(区域发现算法