如何查看sra数据

部署运行你感兴趣的模型镜像

EST : expressed sequences tags 表达序列标签
WGS:whole genome sequencing
miRNA(microRNA): 真核生物中一类内源性的具有调节功能的非编码基因,其大小大约为长度为20-25的核苷酸序列
Run:
Bioproject
Biosample
Experiment
Accession list: 就是run号,可以根据这个号来下载raw data 数据

light, nitrate, phosphate, temperature

在这里插入图片描述

  1. 登录SRA网页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

  2. 输入要搜索的物种名字,点击search
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    3、然后在Send to 下拉框中点击Run Selector, 然后点击Go
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    4、对搜索出来的结果打钩,如正方形方框所示,然后点击metadata, 就会下载每个run所对应的详细信息
    在这里插入图片描述
    5、对于下载下来的metadata数据,从excel表格打开,选择用逗号隔开,就可以把table数据转化成excel的表格数据。然后用关键词来搜索感兴趣的信息。

  3. 另外,可以根据左边的filter来选择相关的信息
    在这里插入图片描述

如何查找一类藻的转录组信息

1、登录sra网站,然后输入一个门的名称,如Dinoflagellates,单击search
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2、在右边的信息里,点击tree,就会显示出物种的分类信息,然后点击dinoflagellates, 如下面方框显示所示。
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3、选择send to, 然后点击run selector, 最后点击Go

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3、勾选好items,然后点击metadata,就下自动下载所有选定run的相关信息。
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Stable Diffusion 3.5 (SD 3.5) 是由 Stability AI 推出的新一代文本到图像生成模型,相比 3.0 版本,它提升了图像质量、运行速度和硬件效率

使用prefetch工具下载SRA数据的方法如下: ### 下载安装SRA Toolkit 需先确定Linux系统,以CentOS 7为例,可执行`cat /etc/os-release`查看系统信息。接着使用以下命令下载SRA Toolkit: ```bash wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz ``` 下载完成后,进行解压操作: ```bash tar -xzvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz ``` 最后将其添加到PATH中: ```bash echo 'export PATH=$PATH:~/public_software/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 可使用`prefetch -h`查看使用说明 [^4]。 ### 下载SRA数据 #### 单个数据下载 使用`prefetch`命令直接下载单个数据,示例如下: ```bash prefetch SRR547531 ``` #### 批量数据下载 使用`--option-file`指定包含SRA ID的文件,`--output-directory`指定下载路径,进行批量数据下载,示例如下: ```bash prefetch --option-file list.txt --output-directory /your/download/path ``` 也可使用`-o`和`-O`参数分别指定下载文件名称和目录,下载多个文件时,可将SRA号存于`file.txt`中,使用如下命令: ```bash prefetch --option-file file.txt ``` ### 注意事项 - **网络问题**:使用prefetch工具时,多数问题由网络环境导致,若遇问题可先检查网络状况 [^2]。 - **数据格式问题**:批量下载时,若prefetch无法识别txt文件中的ID信息,可能是特殊符号(如`^M`)所致,这是由于Linux和Windows对换行符表示不同。解决方法是将`^M`替换为空,从Excel过渡到txt时建议复制粘贴,而非另存为txt文件 [^2]。 - **lock文件问题**:若下载中遇问题,可更改批量下载脚本,添加删除每个SRR文件夹下的lock文件步骤,示例脚本如下: ```bash cd sra_data cat id-list.txt | while read line do IFS="\t" SRR=$(echo $line | awk '{print $4}') IFS=";" SRRid=($SRR) for srr in ${SRRid[@]} do cd $srr rm -f $srr.sra.lock cd .. prefetch $srr # prefetch --max-size 50G $srr 这里可以更改下载数据的大小限制,默认是20G done done ```
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