【生信】KEGG数据库在线使用

本文介绍了KEGG数据库的在线使用方法,包括如何打开数据库、理解KO和代谢通路,以及如何利用KEGG进行数据挖掘。通过搜索和颜色标注工具,可以定制代谢途径图,而BlastKOALA工具则用于在线基因注释。

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KEGG数据库在线使用


KEGG简介

KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。把从已经完整测序的基因组中得到的基因目录与更高级别的细胞、物种和生态系统水平的系统功能关联起来是KEGG数据库的特色之一。与其他数据库相比,KEGG 的一个显著特点就是具有强大的图形功能,它利用图形而不是繁缛的文字来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系,这样可以使研究者能够对其关注的代谢途径有直观全面的了解。

ko:表示通路,这个通路是不分物种的,相当于所有物种某一通路的并集。

KO(KEGG Orthology):是KEGG中一个“专有名词”,表征一个基因。KO作为ko通路中的基本单位,它是蛋白质(酶)的一个分类体系。通常序列高度相似且在同一通路中具有相似功能的蛋白质被归为一组,即一个KO。


打开KEGG数据库

输入网址 https://www.kegg.jp/kegg/kegg2.html

KEGG - Table o

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