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第一个错误就是libgsl.so.0没安装好，这个问题会经常出现，安装好就可以了。所以网上的很多教程都已经用不了了，用以下这个代码就行了。关于rmats的使用参考以下这篇文章就可以很好了。但现在rmats更新了一下，tmp一项没有了。第二错误比较麻烦，好在网上都有现成的答案。而且在运行中很大几率会遇到以下错误。
2024-10-11 14:46:06
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原创 KEGG12大代谢基因提取
利用下面的代码就可以将12大代谢的通路相关基因提取出来，再进行构建基因集进行GSVA分析（这部分内容后面会分布），或许不想自己做的可以跟我要，不过我只构建了rat的。参考曾老师的文章，这个知识点挺好的，后面可以结合GSVA继续分析。
2024-09-23 14:37:12
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原创 CBNplot全网最全教程
用包自带的数据就可以轻松展示图片，但有很多细节都没告诉，其实bngeneplot函数默认是人种属，而且exp的行名要求一定是ENSEMBL格式，ENTERZID和SYMBOL格式都不可以（我就是在这里花费了好多时间，我的数据中行名是SYMBOL格式，也是跟包自带数据对比之后考虑到是这个问题所在，后面还去看了源代码，我也在后面放一下，谁有空就去看下，反正现在的我是不太想看了），pathNum是你要展示的哪条通路，orgDb也得明确，expSample是你要展示的样本，其他一般默认就好。
2024-09-21 16:33:10
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原创 关于用R语言提取KEGG通路基因可不可靠
我进行了逐个比较发现其实都是有的，比如1.1.1.41在分析结果有三个，但这里只有1个，点进去之后就能找到3个了。所以用R包提取KEGG通路的基因是可靠的，其实这个包使用的就是KEGG的API接口。实在不行就用使用KEGG API进行对比，也可以看到这30个基因都在。最后得到这30个基因，那到底可不可靠呢，就让我们回到KEGG网站吧。一直有个问题就是用R语言提取的KEGG通路的基因到底可不可靠。用的R包是’KEGGREST’
2024-09-13 16:53:49
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原创 蝴蝶图代码
scale_y_continuous(expand = c(0, 0), breaks = c(-12, -8, -4, 0), labels = as.character(abs(c(-12, -8, -4, 0)))) + #这儿更改间距设置。scale_y_continuous(expand = c(0, 0), breaks = c(0, 2, 4, 6), labels = as.character(c(0, 2, 4, 6))) + #这儿更改间距设置。
2023-10-14 09:25:46
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原创 cibersort源代码的讲解
这个问题很好解决，主要是由于你输入文件中列名有重复的名字，就是你的基因有重复，那就需要先把mixture_file在外面处理一下再导入。处理的办法可以参考我下面列出的（还有其他很多方法，其主要思想就是把重复的去掉，但又要合理的去除）下面是cibersort的原始代码，一共200多行，要想了解这个代码，需要将它拆分成三个函数，分别是。的作用是什么，在这里先不说，知道他是机器学习中的一个函数就好了。最后就可以来看下CIBERSORT这个函数了。里面有一个核心函数，这个函数，顾名思义与。这里要分三种情况考虑。
2023-02-12 12:38:36
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原创 单细胞分析过程遇到的问题(一)
也是可以的，最后得到的结果也是一样的。’,‘’,samples) )，如果想换成H003，需要将代码改一下，但没这个必要，还是从1开始看起来比较好处理。gsub 的第一个参数是需要被替换的字符串，第二个参数是替换字符串的字符（即为空字符串）。一定得解压缩，然后就会出现三个文件，这是10x的标准文件（而且这个命名也是很重要的，一定得跟下面这三个一样，后面说）得到的结果是一样，但还是推荐第一个样本作为x，这是为什么呢？可以看到这里行的命名是以H001为开头的，为什么呢，这是由于gsub(‘
2023-02-04 23:34:08
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原创 COSG包安装遇到的问题
最后我只考虑能不能外面下载好再放进去，然后我就复制报错中的网址’https://api.github.com/repos/genecell/COSGR/tarball/HEAD’安装这个安装我一个小时，这个包是github上，按道理直接利用下面这个命令就能够完成的。所以出现上面这个问题，并不是所有人都会遇到，正常情况下都能够下载成功。利用下面这个能够很好的解决。刚开始以为是国内网络原因，但科学上网之后还是不行。然后问题就出来了原来是IDM的原因。但这个包的作者也没说什么版本适配。然后我就以为是版本原因。
2023-02-04 17:53:20
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原创 使用kegg数据库的一点见解
现在自己打KEGG.db包，也就是你把时间点给固定了，什么时候重新跑，只要你用的还是原来的KEGG.db，你必须就可以重复出来。get_data_from_KEGG_db()使用get_KEGG_db()函数从"KEGG.db"中获取了"KEGGPATHID2EXTID"和"KEGGPATHID2NAME"这两个AnnDbBimap。这两个函数的代码放下面，有兴趣可以去看，最重要的可以看到这个函数的运行是联网的，所以网速不行就别用了。将前后两次的结果比较一下，发现完全一样，因此两种方法都可以。
2023-01-23 20:20:42
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空空如也
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