【单细胞】sc.pp.normalize_per_cell和sc.pp.normalize_total()函数

最新推荐文章于 2025-03-11 21:18:33 发布

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文章介绍了Scanpy库中的sc.pp.normalize_per_cell()和sc.pp.normalize_total()函数，这两个函数用于对细胞的计数矩阵进行归一化操作。在最新版本中，normalize_total()替代了normalize_per_cell()。示例展示了如何使用这些函数以及log1p()进行数据处理。归一化计算涉及对每个细胞的所有基因计数值求和，然后基于这些总和进行调整，以达到标准化的目的。

1 功能

sc.pp.normalize_per_cell()和sc.pp.normalize_total()功能是一致的。在最新的Scanpy中sc.pp.normalize_total()替代了sc.pp.normalize_per_cell()，具体的情况见参考文献【2】。这个函数的功能就是对细胞的计数矩阵进行归一化操作。

2 例子

import numpy as np
import scanpy as sc

x = np.array([[1, 2, 3],
              [2, 3, 4],
              [1, 1, 3],
              [0, 2, 10]])
adata = sc.AnnData(x)
adata.raw = adata.copy(