【R安装包报错】在conda环境下用R语言命令安装R包报错

一穷二白到年薪百万

已于 2025-03-05 10:42:33 修改

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分类专栏：报错专栏文章标签： conda 生物信息

于 2025-02-24 10:44:19 首次发布

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报错如下：
gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: ‘timespec_get’ has not been declared in ‘::’
80 | using ::timespec_get;
| ^~~~~~~~~~~~
修改

报错原因：如果使用的是conda安装的g++，可能与系统库不兼容。尝试切换到系统默认编译器。

# vim ~/.R/Makevars 写入以下内容
CC       = /usr/bin/gcc
CXX      = /usr/bin/g++
CXX11    = /usr/bin/g++
CXX14    = /usr/bin/g++
CXX17    = /usr/bin/g++
CXXFLAGS = -std=c++17 -D_POSIX_C_SOURCE=200809L -fPIC
LDFLAGS  = -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu