【生物信息学】差异共表达网络

RNA-seq数据的基因共表达网络分析
最新推荐文章于 2023-10-30 18:35:15 发布
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#共表达网络 #生物信息学

这篇博客深入探讨了如何利用RNA-seq数据构建和分析基因共表达网络。通过差异共表达分析，揭示了基因之间的相互作用模式，为理解生物过程和疾病机制提供了宝贵见解。
R上差异表达分析（准备、整合、过滤、样本离群值可视化分析）
weixin_43927366的博客
03-17 2377
定义文件编号# 格式化文件编号为2位数字符串# 生成完整的样本编号# 定义一个函数来读取和处理每个样本文件# 使用lapply读取所有样本文件，结果存储在一个列表中# 检查所有样本文件是否具有相同的行数if (!# 使用do.call和cbind将列表中的所有数据框按列合并，coun_table可以替换自己想输出的名字# 设置合并后的数据框的列名为样本编号。
基因共表达网络分析java,RNA-seq数据的基因共表达网络分析
weixin_42342032的博客
03-12 2270
目录1 背景 BackgroundTypes of biological networksMotivation for using co-expression networksNetwork inference and reverse engineeringBasic graph terminology and data structuresSteps for building a co-expr...
通过构建和分析差异共表达网络的综合策略来挖掘与膀胱癌相关的基因。
03-31
通过构建和分析差异共表达网络的综合策略来挖掘与膀胱癌相关的基因。
利用共表达和RNA SEQ数据进行差异基因表达分析
wangprince2017
02-20 4609
MRFSEQ As a fundamental tool for discovering genes involved in a disease or biological process, differential gene expression analysis plays an important role in genomics research. High throughput sequencing technologies, e.g., RNA-Seq, are increasingl...
基于基因共表达网络的差异共表达疾病基因鉴定
03-23
基于基因共表达网络的差异共表达疾病基因鉴定
【生信简单文章复现】差异分析+WGCNA+功能富集分析+PPI网络+Hub基因验证
qq_65680034的博客
10-30 1万+
Weighted Gene Co-Expression Network Analysis，加权基因共表达网络，将复杂生物过程的基因共表达网络划分为高度相关的几个特征模块，其代表着机组高度协同变化的基因集，并可将模块与待定的临床特征建立关联，在研究表型性状与基因关联分析等方面的研究中被广泛应用。本文通过差异分析、WGCNA分析、功能富集分析、PPI网络分析以及生存分析，期望找到乳腺癌(BRCA)的靶基因，进而研究靶基因影响的生物学通路或代谢网络等。
网络技术-网络基础-结直肠癌电子表达谱的生物信息学分析及差异表达基因研究.pdf
04-19
这篇博士论文利用网络技术和生物信息学方法，对结直肠癌的基因表达谱进行了系统研究。它强调了网络技术在数据获取和分析中的关键作用，以及生物信息学工具在揭示疾病分子机制方面的潜力。通过构建电子文库和分析信号...
生物信息学
09-19
生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、统计学和数学的交叉学科，旨在处理和解析生物数据，尤其在基因组学、蛋白质组学以及系统生物学等领域。本套课程讲义全面覆盖了生物信息学的基础理论与实践应用，适用于本科...
网络游戏-基于生物信息学的膀胱尿路上皮癌生物标志物筛选及基因共表达网络分析.zip
09-19
《网络游戏与生物信息学：膀胱尿路上皮癌的生物标志物筛选与基因共表达网络分析》 在当今的网络游戏领域，技术与科学的交叉应用日益显著，这其中包括了利用生物信息学方法来解决医学问题。本文将深入探讨一个特别的...
网络游戏-水稻非生物逆境差异表达基因分析及共表达网络构建.zip
09-20
通过高通量测序技术（如RNA-seq），可以获取大量基因表达数据，进一步通过生物信息学方法分析这些数据，找出在逆境条件下上调或下调的基因，这些基因可能参与了逆境响应的关键过程。 2. 差异表达基因（DEG）：DEG是...
通过构建和分析差异共表达网络的综合策略来挖掘与膀胱癌相关的基因
03-05
通过构建和分析差异共表达网络的综合策略来挖掘与膀胱癌相关的基因
加权基因共表达网络，其实并没有那么神秘
庐州月光的博客
11-05 7623
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! WGCNA是目前非常火热的一项研究内容，其全称为weighted correlation network analysis, 直译就是加权基因相关性网络分析。通过这项分析，可以鉴定共表达的基因集合，这样的集合称之为modules, 而且可以将modules与表型数据进行关联分析，挖掘潜在的mark 基因。 这个高大上的分析内容的第一步就是构建基因之间的共表达...
基因共表达网络分析java,WGCNA:加权基因共表达网络分析
weixin_29231027的博客
03-12 2791
加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)，又叫权重基因共表达网络分析，其根本思想是根据基因表达模式的不同，挖掘出相似表达模式的基因，定义为模块(module)的一种算法。具有相似表达模式的基因很可能是紧密共调控的，功能紧密相关的或同一条信号通路或过程的成员，有其特定的生理意义。芯片原始数据由R语言预处理后，得到基...
基因共表达网络分析图解
aganlala的博客
04-02 2万+
简介 随着高通量生物实验技术的快速发展，特别是基因芯片和新一代测序技术的发展，全基因组范围内的基因表达数据呈爆炸式增长，利用网络生物学的方法对高通量基因表达数据进行分析和挖掘已经成为生物信息学重要的研究方向。通过基因共表达网络分析方法，可以将在功能上相关的基因识别为一个模块（module）,通过对模块的进一步的分析，能够实现筛选module的核心基因，关联性状，代谢通路建模，建立基因互作网络等高级分析。Gene co-expression（基因共表达）是一种使用大量基因表达数据构建基因间的相关性，从而挖掘基
WGCNA：（加权共表达网络分析）
热门推荐
bioprogrammer
10-09 3万+
文章目录1 介绍2 名词解释Co-expression networkModuleConnectivityIntramodular connectivity $k_{IM}$Module eigengene EEigengene significanceModule Membership $k_{ME}$Hub geneGene significance GSModule significance3 流...
跟着SCI学作图——物种间共表达差异基因气泡图
m0_64643017的博客
04-29 1103
毕业论文想参考一篇SCI作图，原图是这样的： 比较的是小鼠四个不同脑区之间的基因共表达情况。我想比较人和小鼠血液转录本的基因共表达情况，从网上找到另一种关于矩阵间做基因相关的代码。于是稍作修改，成功得到了我想要的，是这样的： 不枉费熬夜到一点半。2022.4.29日记。 ...
文献学习笔记丨转录组表达数据的生信挖掘研究
青笋的博客
09-11 2184
基因的表达是一个非常重要的过程，转录组测序是检测基因表达的技术，本篇文献对转录组分析流程和数据分析方法进行介绍。 引言 基因表达特征：时空特异性转录层面研究基因表达的技术：PCR、基因芯片、转录组测序（RNA-seq）、Nanostring等高通量技术：检测样品中的大量基因表达情况，目前的热门研究领域。关键词：转录组、生信、数据发掘 大规模转录组数据 常规转录组测序 转录组是一个细胞或者样本中全部的基因表达转录本信息，研究转录组是解析基因组中功能元件和生命活动的发生及调控机制的必要基础。 普通转
差异表达与聚类分析
huangliangbo的专栏
10-13 2万+
http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jn7v.html 在鉴定出ncRNA后，我们如何推断其可能的生物学功能呢？首先对于miRNA等作用机制比较清楚的ncRNA，我们可以参考其作用机制，利用碱基互补等方式预测其靶标，并进而推断其生物学功能。然而,对于longnon-coding RNA等具体作用机制尚待明确的非编码RNA，这个方法就不适用了。
RNA 14. SCI 文章中差异表达基因之 蛋白互作网络 (PPI)
weixin_41368414的博客
03-15 1万+
蛋白互作网络分析同样也是 SCI 文章中出现频率最高的分析方法，下面就给大家梳理一下流程！
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