【影像组学】基于 atlas 感兴趣区提取 (3D slicer)

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• 软件：3D slicer 不好用，但支持 Windows。（好用的软件只支持 Linux 或 MacOS，如 FSL，配准效果更好，且是文章中用到的主流软件）
  

1、加载配准模块（新安装时）

View → extension manager → install extensions → 搜索 registration → 选择 SlicerElastix 安装（凌晨下载快）。

2、导入数据

DATA → Choose Files to Add → 选择文件（如图） → 勾选 Show Options，对 atlas 模板文件勾选 Labal Map，Centered 也都勾上，否则对不准。
◆ atlas 模板：HarvardOxford-cort-maxprob-thr50-2mm.nii
◆ 标准图像：mni152.nii.gz，与 atlas 模板相匹配
◆ 个体影像：BraTS19_TCIA10_106_1_t1.nii.gz

3、配准

1. 切换模块：Welcome to Slicer → Registration → General Regist